榨菜主要病虫害黑斑病、白锈病、病毒病、蚜虫、小菜蛾、蝼蛄等。
1、黑斑病
又称黑霉病，是榨菜中常见的病害之一，主要为害叶片，茎、叶柄、花梗和种荚也能受害。叶片染病，多从外叶开始，产生近圆形灰褐斑，病斑周围黄色晕圈，中有明显的同心轮纹，在潮湿气候条件下，病斑较大。后期病斑上长出黑色霉状物。病害严重时，病斑密布全叶，引起叶片穿孔或枯死。茎和叶柄染病，病斑长梭形，呈暗褐色条状凹陷，具轮纹。花梗和种荚感病，出现纵行的长梭形黑色病斑，潮湿时，病部也长黑霉。
药剂防治：在发病初期，可用75%百菌清可湿性粉剂600倍液、70%代森锰锌可湿性粉剂600倍液交替喷雾防治。隔7～10天1次，连续2～3次。
2、白锈病
主要危害叶片，初在叶片背面产生白色小，对应叶面呈浅黄色或灰白色，后期病斑表皮破裂，散发白色粉状物，病斑多的叶片黄枯。若并发霜霉病，则畸形肿胀症状更为显著，会形成“龙头拐”。
药剂防治：在发病初期，可用25%甲霜灵可湿性粉剂600倍液或64%噁霜·锰锌可湿性粉剂500倍等药剂喷雾防治1～2次。
3、病毒病
从苗期至瘤茎膨大前都会发病，感病后叶片出现异常，严重的可致植株死亡。
主要防治方法
（1）农业防治：选用抗病品种；做好种子处理；合理规划，连片种植；适时播种，培育壮苗等。
（2）药剂防治：采用10%吡虫啉可湿性粉剂1500倍液等有效药剂及早防治蚜虫，减少传毒机会。发病初期开始喷洒20%病毒A可湿性粉剂500倍液、或1.5%植病灵乳剂1000倍液等药剂喷雾防治。
4、小菜蛾
以幼虫取食危害。初孵幼虫潜食叶肉和下表皮，3～4龄将叶咬食成洞孔或缺刻，严重时叶片被食成网状。
主要防治技术
（1）农业防治：及时田间杂草、残株；利用趋性诱杀成虫等。
（2）药剂防治：可用5%氟虫腈悬浮剂2500倍液，或5%氟啶脲乳油2000倍液，平均气温20℃以上时用8000国际单位/毫升苏云金杆菌可湿性粉剂500倍液等药剂喷雾防治。
5、蝼蛄
成虫和若虫在土中咬食种子和幼芽，或将幼苗咬断，使幼苗枯死。受害的根部呈乱麻状。由于蝼蛄活动，将表土窜成许多隧道，使苗土分离，失水干枯而死亡，造成缺苗断垄。
主要防治方法
（1）农业防治：如减少空闲地，改变农田生态环境，减少其孳生繁殖的场所；夏收后结合平整土地，破坏产卵场所，使之不能生存；改旱田种植为水旱轮作；不施未腐熟的粪肥等。
（2）物理防治：糖醋液诱杀；利用趋光性、趋粪性等在诱源附近施药，即可消灭许多成虫；利用频振式杀虫灯诱杀成虫。
（3）药剂防治：可用5%辛硫磷颗粒剂1～1.5公斤撒于地面耙平，或用50%辛硫磷乳油1000倍液等药剂喷洒，或用90%晶体敌百虫拌入饵料制成毒饵，撒施、穴施或沟施于田中诱杀。
茎用芥菜的病害主要有霜霉病、软腐病和病毒病；虫害有菜螟、黄条跳呷和蚜虫。黄条跳呷在茎用芥菜的幼苗定植后易发生，菜螟发生在茎用芥菜生长的中后期，蚜虫在整个生长期中都会发生。病毒病的发生对芥菜产量和品质影响。防治病毒病的为害要采取综合防治的措施进行，选用抗病品种，严禁连作，防治蚜虫的为害，杜绝传毒的途径。防治经济计划可以采取多种办法，在田边采用黄板诱蚜，或者用银灰色反光塑料薄膜覆盖避蚜，再用内吸性农药乐果类、杀蜗菊酯类农药分别在幼苗期、莲座期喷雾防治。