合理有效地使用农药显得尤为重要，病虫害是影响烟叶产质量的重要因素，化学农药目前还是烟叶生产中使用广泛的病虫害防治方法，但我国化学农药品种单一，高毒农药品种所占比重偏大，农药剂型少，使用的方法不科学，同一剂型连续使用，致使害虫抗性高，使用剂量大，烟叶中农药的残留量较高，影响了烟叶的性，也造成了一定的农药浪费。
施药时期的选择。在防治害虫时，选择幼龄期施药，可以收到事半功倍的效果。低龄幼虫（3龄期）体壁薄，体壁上生微毛，药剂既容易粘附也容易渗透。随着害虫龄期的增大，耐药性也随之增强，在这一时期防治，用同样的药剂，增加药量和浓度，也不一定能收到低龄期的防治效果。在病害防治中，一般在发病前施药防效好，若到病害普遍发生再施药，防效就很差，这就要求烟农朋友要根据烟草部门掌握的病虫害预测预报信息在技术员的指导下准确施药。同时使用农药时要注意到周围的环境，比如天气、土壤等情况，一般选在无风或微风天气施用，尽量避免中午、雨天施药。
施法的选择。目前的烟草施法有多种多样，主要有喷雾法、毒饵法、熏蒸法、种子包衣处理法、涂抹法、杯淋法等，实际运用时需根据病虫危害特点和生活习性等因地制宜、灵活选用，这样既可提高防治效果，又可减少对天敌的危害。
施药剂量的选择。选择合适的药剂使用浓度和用药量，既对病虫害防治效果，又能减少农药的浪费，同时避免对作物的药害和杀死大量的天敌。适量施药还意味着不必杀死全部害虫，只是抑制其数量。使天敌还有可捕食者和寄生物，以发挥自然控制作用，适当的剂量应当取决于危害造成的经济限阈。
农药的合理混用。药剂的混合使用是合理使用农药的一个重要途径，它既能达到提高药效和兼治病虫害的目的，又能防止害虫产生抗药性，同时也可节省药剂用量，降低劳动强度和投入成本，有些药剂经相互混合后可起到单剂起不到的作用，提高了对烟草病虫草害的防治效果。农药混合使用有许多优点，但并不是说所有的农药都可以互相混合使用，农药的混合使用，必须讲究科学性，混合是有一定条件的，这主要取决于各种农药的理化性能和混合后的理化变化，要讲究混合后增效不增毒。一般说来，中性和中性农药、酸性和酸性农药、中性和酸性农药可以混用。
不同类型农药轮换使用。连续使用一种药剂防治一种或几种害虫是产生抗药性的主要原因，而几种不同农药在不同时间及空间轮换使用是防止抗药性产生的有效措施。