当玉米收获之后，就该考虑玉米的储存问题了，然而玉米种子储藏的关键是提高入库质量，降低种子水分。玉米种子储藏有穗藏法和粒藏法两种，各地可根据气候条件、仓房条件和种子质量选择采用。相对湿度低于80%的地区以穗藏为宜，相对湿度超过80%的地区，则以粒藏为宜。
1、粒藏法：即脱粒玉米入仓储藏。此法仓容利用率高，要求严控种子入库水分，入库后严防种子吸湿回潮，在一般仓库，种子含水量不能超过13%。同时要求低温密闭，即含水量降至标准以内的玉米种子，在冷天或冷天通风降温后入仓，堆面盖席或麻袋，再覆盖干净无虫的大豆秸秆、麦糠、干沙、棉毯等密闭储藏，可使种子长期处于低温状态，减少虫、霉危害。
2、穗藏法：一般相对湿度低于80%的地区以穗藏为宜，新收获的玉米果穗，穗轴内的营养物质可继续运送到籽粒内，使种子达到充分成熟，且可在穗上继续进行后熟；穗与穗间孔隙度大，便于空气流通，堆内湿气较易散发，高水分玉米来不及干燥的，经冬季自然通气，可将水分降至水分以内，翌年春季即可脱粒，再进行密闭储藏。
一种是低温干燥密闭储藏：主要是坝区农户采用。坝区旱地少，玉米种植面积不大，收获的粮食少。收获后的玉米进行充分干燥，在降低到水分之后，除去杂物，入仓密闭储藏；
二是玉米果穗储藏：玉米不脱粒，果穗储藏是一种比较成熟的经验，很早就为我国农民广泛采用。我县主要是山区、半山区农户采用。由于果穗堆内孔隙度大（可达51.7%），通风条件好，又值低温季节，玉米果穗储藏，籽粒胚部埋藏在果穗穗轴内，对虫霉侵害有一定的保护作用。此外，穗轴内的养分在初期仍可继续输送到籽粒内，增加籽粒的养分。在冬春季节长期通风条件下，玉米得以逐步干燥。当水分降到14.5%～15%时，即可脱粒转入粒藏。粒藏的玉米要用磷化铝密闭熏5—7天防玉米象，可延长储藏时间。
1.去除杂质
玉米收获时往往含有较多的未熟粒、破碎粒及穗轴碎块等杂质。呼吸量大，吸湿性强，带菌量多，空隙较小，容易积聚湿热导致发热生霉和虫害。所以玉米收获后必须过筛除去杂质后，再入库储藏。这对预防虫霉、储粮有较好的作用。
2.干燥防潮
玉米要储藏的关键是提高入库质量，降低粮食水分，因此，入库前必须控制好水分和温度等条件。根据实践，玉米含水12.5%，温度35℃左右，一般能储藏。新收获的高水分玉米应充分暴晒或烘干处理，储藏中应注意通风散湿，入库一月左右，可借助秋冬交替的大好时机，进行通风散气，防止出汗，才能确保。
对达到水分的玉米，在冬季应进行冷却处理，并做好压盖密闭工作，保持粮堆低温，以利于过夏。
3.防治病虫
玉米在储藏期间，要勤检查，做好防霉防虫工作。当玉米仓内产生甜味时，要及时翻仓或进行晾晒。春暖前对玉米实行趁冷压盖密闭储藏，对防止蛾类害虫有较好的效果。对已感染害虫的玉米可进行过筛处理，若对玉米进行冬季冷冻和春晒过筛相结合处理，防虫效果更好。