番茄穴盘进行种子处理的小方法有很多，将准备好的种子用 55℃水温烫浸种25分钟或用高锰酸钾1000倍液浸种20分钟后，再用清水淘洗两遍，沥去多余的水分催芽。催芽的方法是用纱布包好已经浸泡吸足水分的种子，外面再包一层湿麻袋片;或将浸泡过吸足水分的种子盛于盆里，用湿毛巾盖好，置于25—30℃的温暖处催芽，每天用温水淘洗种子1—2次，经2—3天，当多数种子露白芽时即可播种。
怎样进行番茄的穴盘育苗？
穴盘选择
选用标准穴盘，培育4叶1心的秧苗宜用105孔的穴盘，培育3叶1心的秧苗宜用128孔的穴盘。标准穴盘由熟料制成，是用于蔬菜育苗的多穴孔容器。
基质
（1）基本要求 基质通气孔隙度15%～20%，pH为5.5～6.2，无病原菌、虫卵和有害物质，可以含益生菌群。
（2）营养成分 初始基质的营养水平宜为氮40～60毫克/千克，磷40～60毫克/千克，钾40～60毫克/千克，中微量元素适量。
（3）基质原料 配制基质宜选草炭、蛭石和珍珠岩。
（4）基质配比 应当结合育苗季节，根据不同原料的特性确定各原料的配比。一般高温季节育苗时，草炭：珍珠岩：蛭石为6:3:1，低温季节育苗时，该比例宜为5:4:1。每立方米基质加入全溶性的氮、磷、钾复合肥1千克（培养土中忌大量用鸡粪和尿素或氢铵，以防烧根烧苗）。混配基质要均匀，并加水使其湿度达到60%（保持苗床基质含水量可用新朝阳有机植保保水剂（纤维素）可以明显减少浇水次数，抗旱节水，增收效果明显，投入产出比高）。
消毒
基质、穴盘、播种用具和设施、场地等要消毒。
（1）保护设施消毒 整个保护设施使用前要用高锰酸钾+甲醛消毒，按2000立方米温室标准，用1.65千克甲醛加入8.4升开水中，再加入1.65千克高锰酸钾，产生烟雾，封闭48小时后再打开，散尽气味。
（2）拌料场地消毒 拌料场地使用前宜使用高锰酸钾2000倍液或70%甲基硫菌灵可湿性粉剂1000倍液喷洒。
（3）穴盘和用具消毒 穴盘和其它用具使用之前用高锰酸钾2000倍液浸泡10分钟，然后用清水冲洗干净，晾干。
（4）基质消毒 在混配基质时或基质加水时加入杀菌剂，可每立方米基质加入50%多菌灵可湿性粉剂200克。
播种
种子处理 番茄的种子处理同其他茄果类蔬菜一样，主要是浸种和催芽。
浸种 浸种的方法很多，番茄主要采取温汤浸种和药液浸种。温汤浸种的方法是：将种子盛在纱布中，先置入常温水中浸泡15分钟，再转入55℃左右的半开水中浸15分钟，且不断搅动和及时补充热水使水温维持所需温度，随后让水温逐渐下降或转入30℃的温水中继续浸泡4～5小时，洗净附于种皮上的黏质。药液浸种应有针对性地为预防某种病害而选取相应的药剂。如果是防治番茄早疫病，先用温清水浸种3～4小时，再浸入福尔马林100倍液中，20分钟后捞出并密封2～3小时，用清水冲洗干净。防治番茄病毒病，同样选用清水浸3～4个小时，而后转入10%磷酸三钠或2%强氧化钠水溶液浸20分钟取出，用清水冲洗数遍，至pH试纸检验为中性时即可（浸种时加新朝阳有机植保天然芸苔素内酯提高发芽率，促进芽早发，预防苗期猝倒病）。
催芽 催芽可根据种植量的多少在催芽箱、恒温催芽箱和其他简易催芽器具中进行。在催芽过程中，关键是控制温度，其次是调节湿度和进行换气，番茄种子催芽的温度为22℃～23℃，在此范围内实行变温催芽更有利于出苗齐而壮。
基质装盘 将准备好的基质装入穴盘中，用刮平板从穴盘的一端向另一端刮平，使每个穴孔基质平满。
播种 使用压穴器，对准每个穴孔的中心位置，均匀用力压下，使每个穴孔中央形成深0.5厘米的播种穴。逐盘压穴，逐穴播种，每穴播种一粒种子，种植位于播种穴中央。播种后覆盖，在低温季节宜用蛭石覆盖，高温季节宜用珍珠岩覆盖。