利用杀菌水对饮料瓶盖进行杀菌的方式主要有喷冲式和浸泡式。
1．喷冲式是采用多组喷嘴，对饮料瓶盖的多个方向喷射杀菌水进行饮料瓶盖表面杀菌，饮料瓶盖接受喷射的时间应微生物能被完全杀灭。具体方法为：经过理盖后的饮料瓶盖方向一致地进入瓶盖轨道，在轨道的上下方设有多组喷头，每组喷头可以从不同角度对饮料瓶盖喷射杀菌水，喷射的杀菌水既对瓶盖进行杀菌也推动瓶盖沿着轨道前行。
利用过氧乙酸，臭氧作为杀菌水时，杀菌水喷冲后的饮料瓶盖需要接受无菌水的冲洗，以去除瓶盖上残留的过氧乙酸，臭氧。使之残留量低于相关标准；无菌水冲洗后再用无菌空气吹干瓶盖。
利用稳定性过氧化氢（含有离子成份）作为杀菌水时，由于稳定性过氧化氢分解后的产物是水和氧气，不存在任何有害的残留物质，（因为诺福牌杀菌剂是通过稳定性过氧化氢和胶质银离子进行微生物、细菌、真菌、病毒的杀灭，其残留为没有使用完的过氧化氢，分解为水和氧气，和银离子）即使在瓶盖杀菌机出口与旋盖机距离很近的情况下，稳定性的过氧化氢也是完全可以分解（产品本身完全溶于水），因此，饮料瓶盖经过稳定性过氧化氢杀菌后不再需要经过无菌水冲洗和无菌空气吹干处理。同时稳定性过氧化氢杀菌水剂是通过氧化作用进行杀菌的，因此，在预防病毒、细菌、真菌、微生物以及其他未知疾病所面临的一个重大难题就被解决了：微生物的抗药性。使用稳定性过氧化氢，无需担心耐药性的问题，可以长期使用一种杀菌水剂。
由于喷射水的直线性，无菌水喷冲杀菌可以用于矿泉水瓶盖杀菌，也可以用于茶饮料和果汁饮料热灌装时的瓶盖杀菌。热灌装采用满瓶灌装，灌装旋盖后倒瓶加热饮料瓶盖，进行内部杀菌处理。
由于银离子作为稳定剂的原因。普通的过氧化氢是不稳定的，这就意味着它可以缓慢的在水和氧气中被分解。为了解决这个问题，少量的银作为稳定剂被加入稳定性过氧化氢杀菌水剂。这种稳定剂可以阻止过氧化氢的缓慢分解，稳定性过氧化氢可以在0－95摄氏度情况下使用，在54℃恒温下保存14天，有效含量减少仅为 0.42％～0.64%（军事科学院检测）因此稳定性过氧化氢可以被储存使用。
2．浸泡式是把饮料瓶盖完全浸泡在杀菌水中，使瓶盖的所有内外表面都接受杀菌水杀菌，由于稳定性过氧化氢具有强氧化杀菌功能，饮料瓶盖浸泡时间在 10~20秒时间内即可满足瓶盖完全杀菌的时间要求。一种方法是：方向一致的饮料瓶盖固定在瓶盖架上，瓶盖架连接在链条上，链条的运动带动瓶盖架进入装有杀菌水的杀菌池内并使瓶盖完全浸泡在杀菌水中，饮料瓶盖浸泡时间在10~20秒时间内即可满足瓶盖完全杀菌的时间要求。与喷冲杀菌方式一样，杀菌水浸泡后的瓶盖同样需要无菌水的喷洗和无菌空气的喷冲，使饮料瓶盖既干燥又无菌。