沼气肥料作为一种新型肥料巧妙掌握后可以给作物带来一定的增产效果。
沼气肥料的上层含有大量的可容性养分，是含氮量浓度很高的液体肥料，易被作物吸收和利用。可供小麦、玉米、棉花、蔬菜等作物早期追肥，尤其是蔬菜早期追肥。施肥前应在沼气池的副池内多存６～７天，降低还原性；或者加水稀释，防止氨挥发损失、苗子泛黄及烧苗现象出现。
沼气肥料的中层是湖状肥，养分含量高，有较丰富的氮素、磷素、有机质和腐殖质，肥力较强。适合粮食作物、经济作物、果树和蔬菜等中期追肥，能持续快速供给植物生长发育所需要的多种养分，具有促枝叶、壮茎秆、攻子粒的作用。每亩追肥量１５００～２５００公斤，深度１０～１５厘米，施后覆土镇压。
沼气肥料的下层沼渣肥，含有氮素、有机质、腐殖酸类物质和矿化的磷素、钾素及微量元素。可供粮食作物、经济作物、果树、蔬菜、花卉、瓜类等作底肥。不论旱田或水田，将沼渣肥均匀撒在地表，随犁耕翻入耕作层，经耙耧，使沼肥与土壤充分混合。每亩用量０．２～０．５公斤，既能壮茎杆（棵），攻子粒，又能培肥地力，蓄水保墒。但应注意，从沼气池中取出沼渣肥后，堆沤１５天再使用。