蘑菇生长需要较多的养分，那么肥料施用正好可以给其补充，但是，如果营养一时供应不上，子实体就生长不良，特别是在后期，还会出现早衰现象。特别是在培养料质量差、粪少草多、料层又薄的情况下，将会明显影响产量和质量。因此，在蘑菇生长后期，适时适量进行追肥，是有利于提高产量和质量的。
但蘑菇追肥只能起一种辅助作用，必须注意效果，防止因追肥不当引起杂菌滋生。另外，还需掌握追肥的浓度和用量，浓度过大或用量过多对蘑菇生长都不利。
追肥一般多在第三批菇采收以后进行，直至下一批菇的子实体长到黄豆大小时为止。此后，到采收前一般少追肥或不追肥。蘑菇追肥时，注意以下五个方面：
一、用量合理。掌握“少吃多餐”的原则，否则，妨碍菌丝体的正常生长。
二、时间适当。追肥的目的，是为菌丝体的繁育和子实体的成熟提供养分。因此时间上可在采２～３批菇后进行。
三、选择肥质。选用多种肥料轮流追施，特别对某些养分较单一的无机肥料进行轮流追肥，尤为必要。
四、杜绝病源。液肥中不得含有虫卵和病菌。所用的厩肥或粪尿，要经过发酵或腐熟、烧煮消毒，避免杂菌滋生，招致病虫害。
五、肥管配合。 追肥需其他栽培措施相配合，尤其不可忽视提高培养料的质量。蘑菇只有在配制良好的培养料的基础上适当追肥，才能获得更好的收成。