大葱根腐病与沤根症状相似，属真菌性病害。是一种由腐霉、镰刀菌、疫霉等多种病原侵染引起的病害。病菌在土壤中或病残体上越冬，成为翌年主要初侵染源，病菌从根茎部或根部伤口侵入，通过雨水或灌溉水进行传播和蔓延。所以，地势低洼、排水不良、田间积水、连作及棚内滴水漏水、植株根部受伤的田块发病严重。育苗地土壤粘性大、易板结、通气不良致使根系生长发育受阻的地块，也易发病。
大葱根腐病的病症
大葱根腐病在5月进入发病盛期，其发生与气候条件关系很大。主要危害幼苗，成株期也能发病。发病初期，仅仅是个别支根和须根感病，后逐渐向主根扩展。主根感病后，早期植株不表现症状，后随着根部腐烂程度的加剧，吸收水分和养分的功能逐渐减弱，地上部分因养分供不应求，新叶首先发黄，在中午前后光照强、蒸发量大时，植株上部叶片才出现萎蔫，但夜间又能恢复。病情严重时，萎蔫状况夜间也不能再恢复，整株叶片发黄、枯萎，根皮变褐，全株死亡。
大葱根腐病的防治方法
合理轮作重茬是造成大葱根腐病的关键因素。由于连续多年种植，土壤中病原菌增多，极易造成大葱因感染重茬病害根腐死棵。所以，在种植大葱的地块与其他作物轮作很重要，但注意不要与大蒜、韭菜轮作。
控制土壤湿度种植大葱过程中，若培土时土壤湿度过大，会影响大葱根部的正常呼吸，使大葱自身抗性下降，加剧病害发生。所以在多雨季节，要注意做好大田排水，避免积水沤根，诱发大葱根腐病。
冲施生物菌肥对于大葱根腐病的防治，做好前期的预防很关键。在大葱培土前，可随水冲施生物菌肥，增加土壤有益菌，抑制病原菌浸染。
喷施药剂因为根腐病属细菌性病害，具有传染性。所以，在发生了根腐病的地块喷施药剂，对未发病的种植区域做好防范很关键。张树学建议农户，喷施的药剂可选用甲基硫菌灵和硫酸链霉素。
1、精选品种：选好并整好育苗地块。选择优质品种，并对种子进行浸种+种衣剂处理，并适期播种。
2、种子、插穗消毒：播种前，种子可用种子重量0.3%的退菌特或种子重量0.1%的粉锈宁拌种，或用80%的402抗菌剂乳油2000倍液浸种5小时；插穗基部也可用同样浓度药液浸1小时后扦插。
3、苗床土壤消毒，可使用甲霜恶霉灵、多菌灵等进行土壤消毒，且可兼治猝倒病、立枯病。
4、田间管理：①精耕细整土地，悉心培育壮苗，在移植时尽量不伤根，精心整理，不积水沤根，施足基肥。②定植后要根据气温变化，适时适量浇水，防止地上水分蒸发、苗体水分蒸腾，隔绝病毒感染。③分别在花蕾期、幼果期、果实膨大期喷施磷肥，增强植株营养匹配功能，使果蒂增粗，促植株健康生长，增强抗病能力。
5、药剂防治。可使用铜制剂或甲霜恶霉灵进行防治
发病时：可用甲霜恶霉灵或铜制剂进行灌根。
6、及时防治地下害虫和线虫的危害。