果树发生烂根，轻者树势变弱，重者出现死树毁园的情况，而且烂根死亡的果树，地下均残留很多有害病菌，补栽小果树，一是不易成活，二是即便成活生长也不旺。那么果树发生烂根绝大多数都是因为以下几个原因：
一、施肥不当
一是长期施用尿素、复合肥、二胺、硫酸钾等化学合成肥料，容易造成土壤酸化、板结，使土壤的透气性变差，影响果树地下部分的生长，砂石地区锰中毒的现象越来越严重。二是施用氮肥过量，造成果树徒长，旺而不壮，腐烂病严重。三是单一施肥，不注重中微量元素的补充，导致生理病害严重，果实品质下降。
二、大量施用未腐熟的土杂肥
土杂肥价格便宜而且效果也不错，但是若使用不当，也会造成果树的烂根现象。很多果农将土杂肥买回家，盖上塑料布晒一段时间就施用，若是肥料还没有充分腐熟，施入地下后还会继续发酵，会产生大量的热量，树根，造成烂根。还有的就是没有腐熟的土杂肥携带大量病菌，害虫盐分等，都会对根系造成严重的伤害。
三、施肥方法
有的果农为了省工、省力采用穴施的方法施肥，沟施挖沟（穴）少而小，把肥料填满穴、沟覆土，烧死根也是普遍现象。果农要知道，苹果的根系主要分布层在地下表20～80cm范围内，集中分布层在地表下40cm左右。如果为了省力省工，挖沟施肥越来越浅，甚至有的果农将肥料撒在地面浇水或等待下雨。我们还应该明白一点，根随肥走，年复一年把果树的根引向地表，即不抗旱，又不耐涝，更不利于肥水的吸收利用，根系趋地表的严重后果是：果树的抗逆性变差，遇旱、涝、冻容易造成死枝、死树。
四、长期放弃土壤管理，加剧了土壤板结
有的果园长期不予整刨，春夏灭草全部依靠灭草剂，只灭了杂草，而不能疏松土壤的通气性，致使活土层长期处于严重板结状态，而且把果树的根系引向地表层，即不抗旱又不耐涝，雨后造成土壤通气不良，根系窒息而大量落叶。
五、施肥不及时
秋季是根系一年中一次生长高峰期，生命活动旺盛，这段时间是施基肥的时期，此时果树内的营养被果实带走，若不及时补充养分，冬天很容易造成、死树。