板栗内腐是板栗批发商和炒商都格外敏感的词，是病菌或者保存不当导致黑斑、霉变、霉烂的一种总称。大致原因有以下几种。
一、品种原因
整体而言，早熟品种和南方品种容易发生内腐。所以，从全国来讲，南方板栗耐储性差，容易发生内腐。在同一地区，晚熟品种内腐发生的机率，要比早熟品种少得多。
二、成熟差异
没有充分成熟的板栗含水量很高，组织柔嫩，极易腐烂。而在栗蓬大部分转黄且有三分之一开裂时采收，或者适当晚收几天，这样板栗内腐发生的机率也低。
三、采收时机
雨天和雨后，或晨露未干，这时采收的板栗也容易发生内腐。因板栗处于高温度的环境下，会让板栗外壳吸水以至水份渗入板栗内，这是招致病菌寄生的适宜条件。
四、采收方式
一般栗农采用自然落果和击落采收。自然落地采收板栗发育成熟，外观和风味良好，且不易内腐。采用击落采收的方式，这样板栗壳和栗仁都未充分成熟，风味降低，极易霉烂。此外脱粒方法，用棍棒敲打、脚踏、扒蓬机等方式，极易造成板栗局部机械损伤，从而招致腐真菌感染栗仁发生内腐，而无伤时侵染率较低。
五、堆放方式
栗蓬采收后堆放的时间过长，或者将栗蓬堆得过厚、堆得过实，都可可能造成堆内发热。娄烦堆内温度超过五十度以上，就会烧死胚芽，子叶变质。而科学堆放的栗蓬，经过一段时间后能促进板栗后熟和着色，有利于储藏，降低内腐发生可能。
六、病菌感染
这是内腐发生的主要原因。由于板栗顶柱头及板栗壳多孔纤维状结构，极易被病菌（真菌）侵入，条件适宜就会造成内腐发生。此外经象鼻虫、桃蛀螟等虫害，也易导致腐烂发生。就算是在树上的板栗，也会有内腐发生。
七、储藏方式
储藏期间能否保持适宜的温度，是板栗储藏成败为关键的环节。温度过高或者过低，湿度过高过低，二氧化碳和氧气含量的过高过低，都会导致板栗伤热、、风干或缺氧发生，导致板栗发生内腐机率大大增加。
八、内部变化
板栗在储藏期间含糖量变化和呼吸强度的状况，影响内腐发生机率。开始储藏时，糖份不断增加，这个时候易发生内腐。同时板栗呼吸旺盛，且随温度升高而加强，且而霉烂板栗呼吸更旺，放出呼吸热更多。这样的高温会导致病菌进入活动状态，促进病菌繁殖，使板栗生理机能被破坏，内腐率大大增高。
九、气候因素
除以上原因外，除上述原因外，还和当地当年的降水量、温度等有关，降水过多或者过少，温度过高或者过低，都可能造成一个区域，或者一个区域中的某些品种发生内腐。
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