现在大多数李子园有机质不到1%，部分李子园甚至在0.5%以下，远远达不到优质丰产园的要求，因此必须增加基肥用量。如果同时考虑到树体生长与改良土壤的双重需要，有机肥的施用量应掌握在斤果1～3斤肥的标准。所以一个亩产1500公斤左右的中产李子园，有机肥的用量不可少于3000公斤。
施基肥适宜时期是秋季（落叶前1个月），其次是落叶至封冻前，以及春季解冻至发芽前。秋施基肥肥料有充足的时间腐熟，并能使断根愈合，发出新根，因此时正是根的生长高峰期，根的吸收力较强，吸收后可以提高树体的贮藏营养水平，并可促进花芽的发育充实、树体较高的营养贮备和早春土壤中养分的及时供应，可以满足春季发芽展叶、开花坐果和新梢生长的需要。而落叶后和春季施基肥，肥效发挥作用的时间晚，对果树早春生长发育的作用很小，等肥料被大量吸收利用时，往往就到了新梢的旺长期。山区干旱又无水浇条件的果园，因施用基肥后不能立即灌水，所以，基肥也可在雨季趁墒施用。但有机肥一定是充分腐熟的精肥，施肥速度要快，并注意不伤粗根。
在有机肥源不足时，也可将秸秆、杂草等作为补充，与有机肥混合使用。值得注意的是虽然有机肥肥源有限，但一定要遵循局部、根系集中分布层的原则，采用集中穴施，以充分发挥有机肥的肥效。集中穴施，就是从树冠边缘向里挖深50厘米、直径30～40厘米左右的穴，数目以肥量而定，然后将有机肥与土以1∶3或再加一些秸秆混匀，填入穴中再浇水。另外磷、钾肥甚至锌、铁肥等可与有机肥混合施用，以提高其利用率。