(1)根据防治对象合理选择农药品种使用农药是药用植物病虫害防治的重要手段。农药种类较多，应根据病虫害种类选择合适农药，杀虫剂如敌百虫，一般对咀嚼式口器害虫如菜青虫有效，而对蚜虫、介壳虫等刺吸式口器害虫几乎无效。杀菌剂也要选择合适的品种，如种子消毒处理一般选用广谱性杀菌剂，而防治叶部的真菌性病害可选用多茵灵、甲基硫菌灵等农药，防治霜霉病则应选择瑞毒霉等对藻类菌敏感的农药。在中药材病虫害防治中，提倡使用生物农药，如Bt、农抗120、灭幼脲、烟碱等。
(2)农药的交替使用与合理混用农药的使用原则是不要长期使用同一种农药防治同一种病虫害，而应交替使用作用机制不同但防治对象相似的农药。同时需要对不同的农药进行混用，可以达到兼治多种病虫害，避免害虫产生抗药性，以延长新农药的使用寿命。混用时要注意农药间不能产生拮抗或降解作用，不使用增毒显著的混用配方。混合配药时，应先将两种农药按配方的用药量或浓度各自称量后，分别加少量水稀释，再相互混合后搅拌均匀，加水至规定浓度。混配的农药应现配现用，不能久置。
(3)选择合适时期使用农药合适的时间施用农药是有效控制病虫发生、保护有益生物、避免农药残留的重要途径，要注意做好田间观察记录，以掌握病虫动态。确定防治适期的依据主要有：掌握害虫盛发期和在对杀伤害虫有利的虫龄阶段进行防治；病虫易侵染、为害的生育期；非天敌敏感期；间隔，即在收获前一定间隔时间内禁止用药，这一点要特别注意。
(4)农药使用过程中注意事项配药时须戴胶皮手套，用量要严格按规定剂量称量，严禁用手拌药；药剂拌种时要用工具，随用随拌，手撒或点播药种时要戴防护手套，剩余毒种应及时销毁；配药、拌种地点应远离水源和居住地；使用手动喷雾器时要隔行喷，桶中药液不能装的过满，大风及高温时不喷药；喷药后及时清洗喷雾器及盛过农药的包装物。
一、根据防治对象合理选择农药品种
农药种类较多，应根据病虫害种类选择合适农药，杀虫剂如敌百虫，一般对咀嚼式口器害虫如菜青虫有效，而对蚜虫、介壳虫等刺吸式口器害虫几乎无效。杀菌剂也要选择合适的品种，如种子消毒处理一般选用广谱性杀菌剂，而防治叶部的真菌性病害可选用多菌灵、甲基硫菌灵等农药，防治霜霉病则应选择瑞毒霉等对藻类菌敏感的农药。在中药材病虫害防治中，提倡使用生物农药，如Bt、农抗120、灭幼脲、烟碱等。
二、不要长期单一的使用农药
对不同的农药进行混用，可以达到兼治多种病虫害的目的，避免害虫产生抗药性，以延长新农药的使用寿命。混用时要注意农药间不能产生拮抗或降解作用，不使用毒性显著增加的混用配方。混合配药时，应先将两种农药按配方的用药量或浓度各自称量后， 分别加少量水稀释，再相互混合后搅拌均匀，加水至规定浓度。
三、选择合适时期使用农药
合适的时间施用农药是有效控制病虫发生、保护有益生物、避免农药残留的重要途径，要注意做好田间观察记录，以掌握病虫动态。确定防治适期的依据主要有：掌握害虫盛发期和在对杀伤害虫有利的虫龄阶段进行防治； 病虫易侵染、为害的生育期；非天敌敏感期；间隔，即在收获前一定间隔时间内禁止用药，这一点要特别注意。
四、农药使用注意事项
1.用量要严格按规定剂量称量，严禁用手拌药。
2.药剂拌种时要用工具，随用随拌，手撒或点播药种时要戴防护手套，剩余毒种应及时销毁。
3.配药、拌种地点应远离水源和居住地。
中国食品药品检定研究院对近年来文献报道的中药中农药残留样品普查情况进行了统计，认为中药材中农药残留检出率较高，检出的农药种类也较为复杂，但超标率并不高，整体合格率达95%以上。
从检出的农药种类分析，有机氯类农药由于在土壤、水系中长期残留，在中药材中检出率仍然。其他类型的农药中，有10余种农药检出率略高，主要为我国目前农业生产中的常用杀虫、杀菌剂，氟虫腈等个别禁限用农药也有检出。高检出率农药有五氯硝基苯等有机氯类农药，毒死蜱、多菌灵、氯氰菊酯、溴氰菊酯、联苯菊酯、氯氟氰菊酯、甲胺磷等禁限用高毒农药，应作为重点对象进行监控。
从中药材种类来看，花及果实类药材检出率较高，如金银花、菊花、陈皮等，部分多年生根及根茎类，如人参、三七等。
目前我国还没有专门针对中药材生产中农药使用的相关法规或规定，中药材在农作物中归类于经济作物，与大宗粮食作物相比种植面积较小，农业部在农药的使用和管理公告中，将其与蔬菜、茶叶、果树视为同类。
近年来，农业部陆续公布了一批国家明令禁止或限制使用的农药。农业部第199号公告规定：“六六六，滴滴涕，毒杀芬，二溴氯丙烷，杀虫脒，二溴乙烷，除草醚，艾氏剂，狄氏剂，汞制剂，砷、铅类，敌枯双，氟乙酰胺，甘氟，毒鼠强，氟乙酸钠，毒鼠硅等18种农药全面禁止使用”，明确规定：“甲拌磷、甲基异柳磷、特丁硫磷、甲基硫环磷、治螟磷、内吸磷、克百威、涕灭威、灭线磷、硫环磷、蝇毒磷、地虫硫磷、氯唑磷、苯线磷14 种高毒农药不得用于蔬菜、果树、茶叶、中草药材上”。农业部第274号公告规定：“甲胺磷、甲基对硫磷、对硫磷、久效磷和磷胺5种高毒农药全面禁止使用”。农业部第1586 号公告规定：“苯线磷、地虫硫磷、甲基硫环磷、磷化钙、磷化镁、磷化锌、硫线磷、蝇毒磷、治螟磷、特丁硫磷10种农药于2013年10月31日停止销售和使用”。农业部《农药使用规范》（ NY /T 1276—2007）规定：“不得选择剧毒、高毒农药用于蔬菜、茶叶、果树、中药材等作物和防治卫生害虫”。农业部《农药管理条例实施办法》第二十九条规定：“剧毒、高毒农药不得用于防治卫生害虫，不得用于瓜类、蔬菜、果树、茶叶、中草药材等”。