针对秧田杂草主要使用农药来防治，防治方法如下：
在秧田播种塌谷后，亩用17.2%幼禾葆可湿性粉剂200~250克或10%吡嘧磺隆10~15克，对水40千克均匀喷雾。要求秧板平整、不重复喷施、药后保持湿润。
水膜秧田：亩用50%杀草丹130毫升，对水60千克均匀喷雾在秧板上，雾点干后即可播种。旱育秧田：每亩秧田用旱秧除草剂封闭号40%丁·扑乳油200毫升（10支），对水60~70千克，播种后均匀喷雾在覆盖物上，再盖膜。
秧田中的杂草主要有稗草、球花碱草、牛毛毡、节节菜、矮慈姑等。稗草、球花碱草、牛毛毡等，一般在播后5?7天陆续发生，播后10天左右可以达到出草高峰，播后25?32天停止出草。而秧田中的扁秆薦草、眼子菜等杂草则比稗草等杂草发生略迟，一般在播后10天左右开始发生。
由于有些杂草具有地下块茎或根状茎，其上发生的芽和由种子发生的芽在时间上不同步，并且水层和土层要达到一定深度时方能抑制其营养繁殖。要在种子精选的基础上，针对当地秧田常发生的杂草优势种，选择相应的除草剂加以防除。
(1) 播前土壤处理：在秧板做好后落谷前2?3天，每667 米2用50%杀草丹乳油150?250毫升；或12%恶草灵（恶草酮、农思它）乳油100?150毫升，对水喷雾；或96%禾大壮（禾草敌）乳油100?180毫升，拌细潮土10?15千克，撒施全田。施药时田间应有浅水层，药后保水2?3天，然后排水播种。
(2) 播后处理：水稻秧田如果出苗后杂草发生多，就要根据苗前化学防除情况及田间杂草发生种类选择用药。用药时田间应灌浅水，并在用药后保水3?4天。常用的药剂可选择下列任何一种施用。
杀草丹：氨基甲酸酯类除草剂，主要防除稗草、牛毛毡、球花碱草、千金子等，在水稻秧苗一叶一心至二叶一心时，稗草在二叶期以前，每667米2用50%杀草丹乳油100?150毫升，对水均匀喷雾。用药量随稗草叶龄大小而变化，叶龄小时用量少。杀草丹对稗草三叶期之前控制。
禾大壮(禾草敌）：主要防除稗草、牛毛毡、球花碱草等。对各种生态型一至四叶期的稗草均有效，高剂量下可控制三至六叶期稗草。在秧苗二叶一心时每667米2用96%禾大壮乳油100?150毫升，拌细潮土 10?15千克，撒施全田。施药时田间要有水层，保水6?7天。当稗草大至四五叶期时，每667米2用药量可增至150?200毫升，并相对加深水层。
扫第特（丙草胺）：2-氯代乙酰替苯胺类除草剂，是细胞分裂抑制剂，主要防除稗草、千金子、异型莎草、牛毛毡、窄叶泽泻、水苋菜、鸭舌草、萤蔺、繁缕等杂草。在秧田应用f播种后2?4天，每667米2用30%扫茆特乳油75?125毫升，对水或混细土进行处理。应当注意的是，播种的稻谷必须是催芽稻谷，播种后根芽正常，种子根能及时扎人土壤中，忌有芽无根。
苄嘧磺隆（农得时、稻无草）：磺酰脲类除草剂，是侧链氨基酸合成的抑制剂，主要用于防除球花碱草、扁秆廉草、萤蔺、水草、牛毛毡、矮慈姑、眼子菜、水苋菜、节节菜、鸭吿草等一年生和多年生阔叶杂草和莎草科杂草，对稗草等禾本科杂草防效差。苄嘧磺隆对萌芽至二叶期的杂草均有效。于播后至杂草二叶期，每667米2用10%农得时可湿性粉剂15?20克，对氷喷雾或混细泥土撒施。如防除多年生阔叶草和莎草科杂草，#防7米2用量应增加（不得超过25克)。