在施用微生物农药时要注意以下几个问题：
浓度适宜，科学间隔 溶液含量低，防效差，否则，易造成浪费或药害。只有适时施用适宜的菌剂，使害虫、病菌获得充足的致病菌量，才能防效。如细菌性杀虫剂一般每公顷用活孢子数在100亿/克上的菌粉2200~2500克，虫口量大，世代重叠，虫龄不齐，单位面积—次用药量大，间隔期短。苏云金杆菌防治小菜蛾，大菜粉蝶间隔10~15天，防治三化螟间隔5~6天。
喷洒均匀 生物农药一般以胃毒为主，均匀喷施可提高防效。粉剂使用前称取所用药量，加入少量水搅成糊状，乳剂使用前要充分摇匀，根据每公顷用药量兑入所需水量750~1000千克，搅匀即可。在溶液中加入0.l%的合成洗衣粉、皂角或茶子粉作黏着剂利于提高喷洒效果。
正确配方，混合使用 生物农药杀虫防病针对性强，农药混配可扩大应用范围，提高工作效率，特别是在暴食性害虫成灾时，十分必要。但不宜和碱性农药、内吸性有机磷杀虫剂混配，禁止和杀菌剂、抗病毒剂混用。在配方混用时，做到随配随用，不可久放。
雨后补喷 用药当天遇雨，天晴后应立即补喷1次。
用药 生物杀虫剂农药对家蚕毒性很大，蚕区周围2千米内禁止使用。
要避免施用时温度过低
有些农民在施用微生物活体农药时，不注意环境因素，不选择气温较高的天气条件下施用，甚至在冬天和早春寒冷的天气条件下施用，故没有达到预期的防治效果。这是因为，生物农药施用时都要求较高的温度。试验表明，在25～30℃之间，喷施后的微生物活体农药防治效果要比在10～ 15℃之间的高出1～2倍。
避免强太阳光
没有避开高温、强太阳光的中午施用，引起药效下降。微生物活体农药，怕强太阳光照射。太阳光中的紫外线对芽孢有着致命的杀伤作用，而且紫外线的辐射对伴孢晶体还能产生变形降效作用，因此要选择在下午4点钟以后或者阴天施用，发挥效果更好。
要避免在干燥的天气下施用
如晴天上午10点钟到下午4点钟前等高温干燥的天气条件下施用，效果都不佳。这主要是因为环境湿度不够所致。因此，选择阴天、雨后或早晨等湿度大时施用。
要避免与杀菌剂使用
如块状耳霉菌，作为一种真菌杀虫剂，药效是通过块状耳霉菌的活孢子作用来实现的。施用后活孢子侵染蚜虫并致死，可持续传染，引起群体大量死亡。但作为一种活体真菌，如果与杀虫剂混用，它们被杀菌剂致死，自然失去杀虫作用。
要避免施用后遭大雨冲刷
芽孢怕大暴雨冲刷，因为暴雨会将喷施的菌液冲刷掉。如果喷施后（5～6小时后）遇到小雨，不但不会降低药效，反而可提高防效作用，因为小雨对芽孢发芽大为有利，害虫一旦食后会加速其死亡。所以要根据天气预报确定施用时间。
，禁止在气温很低的条件下进行施用。出现某些农户在施用微生物活体农药的时候，忽略掉周围的环境条件，不去选在温度比较高的天气环境下施用药剂，而是选择在严寒的冬季以及早春寒冷的天气环境下进行施用，所以不会达到应有的防治效果。主要是因为施用生物农药时需要气温比较高才能起到应有的效果。根据试验说明，若是在在25摄氏度到30摄氏度之间施用时，在喷施之后的微生物活体农药效果将会比在10摄氏度到15摄氏度之间施用的高出1-2倍。
第二，避免在周围环境比较干燥情况下施用。如果在晴天的上午10时到下午4时前等温度较高空气较干燥的天气条件下施用，将达不到有效地防治效果。效果达不到的主要是由于环境湿度没有达到所致。所以，施用的时候选择在阴雨天下进行或者是早晨等湿度比较大的时候。
第三，禁止在强太阳光下施用。若是在温度高、太阳光为强烈的的中午进行施用，将会造成药效降低。微生物活体的农药，忌怕太阳光强烈的照射。因为太阳光中的紫外线会对作物的芽孢造成致命性的的杀伤功能，并且紫外线的辐射还将会对伴孢晶体产生变形降低效果的作用，所以选择在每天的下午4时之后或者阴雨天下施用，这样的效果会发挥的更好。
第四，防治在施用之后遭到大雨的冲刷。芽孢怕被大暴雨冲刷，由于暴雨会把喷施的药剂冲刷干净。若是在喷施之后的5-6小时遇到小雨，这样不仅不会使药效降低，反而还能够提升防治效果的作用，是由于降小雨会对芽孢发芽极大地帮助，一旦害将其药剂虫食后之后就会加快害虫的死亡。因此我们需要根据天气预报来确定施用时间。