君子兰在养护过程中易发生根腐病，开始时只是个别根系变褐软腐，地上植株无症状;然后肉质根腐烂，植株在阳光强烈、蒸发旺盛时顶部叶片萎蔫;后期根部腐烂程度加剧，叶片变小、颜色由绿变黄，新叶生出慢而少;根部全部腐烂，叶片自下而上逐渐干枯，全株枯死。
造成君子兰根腐病的病菌多为真菌。该病菌在苗栽或土壤中的病残体上越冬，在土壤中能存活多年，通过栽培操作、雨水传播，多从根系损伤等伤口侵入。土壤带菌、土质通透性差、水肥施用不当、地下虫害严重等都是发病的原因。
君子兰根腐病可以通过消毒盆土及种苗预防，盆土用65%代森锌500倍液或50%退菌特1000倍液浇透，种苗栽植前用50%甲基硫菌灵800倍液浸根系10分钟，晾干后栽培。初发病时可进行化学防治：用80%的402乳油1500倍液或70%敌克松1200倍液灌根，每7至10天1次，连灌2-3次，防治效果可达95%以上;灌根时，待盆土稍干时进行，更有利于药效充分发挥。对肉质根已腐烂但地上部分尚未枯死的病株，可采取以下急救措施：先将病株取出，洗净根系上的泥土，用利刀把腐烂部分削除，然后将茎基部浸入0.1%高锰酸钾溶液中30分钟，取出后在伤口处涂抹木炭灰以防腐防感染，之后置于通风处稍晾干，栽前再用B12(医用针剂)原液浸蘸一下;栽培土用2:5:1的细河沙、园土、砻糠灰充分混合，再用沸水浇透消毒，冷凉后使用，这种盆土透气性、保温性、保湿性均好，有利于病株栽后再生新根;植株栽入时，要用手把入土部分按紧，使茎基与盆土紧密接触;栽后温度保持20-25℃，盆土保持稍润湿即可，不干透不必浇水，一般30-40天即可生出新根。
君子兰生长瘦弱，叶片逐渐发黄，新叶生长缓慢或不发新叶，很可能是发生了根腐病。这时将植株倒出，去掉盆土，就会看到部分或大部分根已腐烂。
君子兰浇水过多而受涝，高温多湿的环境或根部受伤，都容易引起根腐病。根腐病的防治方法如下：
(1)应根据君子兰的习性加强管理。防止连浇大水和追施浓肥，生肥而伤根。松土和换盆或倒盆时，要防止损伤根部。
(2)部分根发生腐烂时，应把已烂的根切去。伤口部分涂抹上草木灰或硫磺粉，待伤口稍干缩后，用新盆和新盆土重新栽植好。栽好后放室内凉爽处，控制浇水，注意叶面喷水。待恢复生长后，再逐步恢复正常管理。
(3)大部或全部根发生腐烂的，应剪去部分或大部老叶，从根颈部将烂根切去。用草木灰或硫磺粉涂抹伤口，待伤口稍干缩后，将根颈部分栽入消过毒的纯沙中，使它重新生根。栽好后放室内凉爽处，控制浇水，注意叶面喷水，防止空气过湿和沙内水分过多。管理得好，l个月左右可望长出新根。新辍长出后即可移栽上盆。