(1)苗期预防辣椒病毒病、疫病。苗期由于苗床较集中，好管理，预防较省工、省力、省药，且防效好。苗期要重视蚜虫的防治。在防治好传毒昆虫的基础上，从5叶期开始用20%病毒A可溶性粉剂800倍液喷撒椒苗，间隔10—15天再喷撒1次，能有效地预防病毒病。在移栽前2—5天喷1次阿米西达悬浮剂1500倍或64%杀毒钒可湿性粉剂500倍液防治疫病，然后带药移栽，能很好的预防疫病、立枯病等，并能健苗移栽，减少该病传入大田造成大面积危害。
(2)大田病害预防。根据大田期辣椒死苗的发生特点，应在移栽后3—5天1次阿米西达悬浮剂1500倍或64%杀毒钒可湿性粉剂500倍液防治疫病，能有效预防死苗，历年重病连作田，间隔10—15天要再喷1次。旺长期叶面喷雾1次20%病毒A可溶性粉剂倍液，可有效预防病毒病。初果期初见细菌性斑点病时．应及时用72％农用链霉素可湿性粉剂500液进行喷雾，能有效地防治细菌性斑点病。重病田或大棚，间隔10天喷1次，连续应用2—3次。能有效地减少辣椒病害造成的损失。