水稻稻曲病只发生于穗部，为害部分谷粒。受害谷粒内形成菌丝块渐膨大，内外颖裂开，露出淡黄色块状物，即孢子座，后包于内外颖两侧，呈黑绿色，初外包一层薄膜，后破裂，散生墨绿色粉末，即病菌的厚垣孢子，有的两侧生黑色扁平菌核，风吹雨打易脱落。河北、长江流域及南方各省稻区时有发生。
稻曲病传播途径和发病条件
病菌以落入土中菌核或附于种子上的厚垣孢子越冬。翌年菌核萌发产生厚垣孢子，由厚垣孢子再生小孢子及子囊孢子进行初侵染。气温24-32℃病菌发育良好，26-28℃适，低于12℃或高于36℃不能生长，稻曲病侵染的时期有的学者认为在水稻孕穗至开花期侵染为主，有的认为厚垣孢子萌发侵入幼芽，随植株生长侵入花器为害，造成谷粒发病形成稻曲。抽穗扬花期遇雨及低温则发病重。抽穗早的品种发病较轻。施氮过量或穗肥过重加重病害发生。连作地块发病重。
水稻稻曲病的防治方法
（1）选用抗病品种，如南方稻区的广二104，选271，汕优36，扬稻3号，滇粳40号等。北方稻区有京稻选1号，沈农514，丰锦，辽粳10号等发病轻。
（2）避免病田留种，深耕翻埋菌核。发病时摘除并销毁病粒。
（3）改进施肥技术，基肥要足，慎用穗肥，采用配方施肥。浅水勤灌，后期见干见湿。
（4）农药防治。用2%福尔马林或0.5%硫酸铜浸种3-5小时，然后闷种12小时，用清水冲洗催芽。抽穗前用18%多菌酮粉剂150-200g或于水稻孕穗末期每 667m2用14%络氨铜水剂250g稻丰灵200g或5%井冈霉素水剂100g，对水50L喷洒。施药时可加入三环唑或多菌灵兼防穗瘟。施用络氨铜时用药时间提前至抽穗前10天，进入破口期因稻穗部分暴露，易致颖壳变褐，孕穗末期用药则防效下降。此外也可用50%DT可湿性粉剂100-150g，对水 60-75L，于孕穗期和始穗期各防治一次，效果良好。也可选用40%禾枯灵可湿性粉剂，每667m2用药60-75g，对水60L还可兼治水稻叶尖枯病、云形病、纹枯病等。
现阶段是水稻已到抽穗期曲病防治的时期
稻曲病以预防为主，时机一是全田1/3以上茎秆一片叶子全部抽出，即俗称“大打包”或者“大肚期”时用药（约距出穗时间7—10天左右），此时正是病菌的初侵染高峰期；二是破口始穗期，一般提前3-5天用药。
在破口前7-10天喷施25%戊唑醇40克或者3%井岗嘧甘素（素青）400克，一个星期后再喷施一次。
将稻瘟康按300倍液稀释，并添加适量渗透剂如有机硅等，进行喷雾，重点喷药的部位是植株的上部，3天用药2次
现阶段是水稻已到抽穗期曲病防治的时期 稻曲病以预防为主，时机一是全田1/3以上茎秆一片叶子全部抽出，即俗称“大打包”或者“大肚期”时用药(约距出穗时间7—10天左右)，此时正是病菌的初侵染高峰期;二是破口始穗期，一般提前3-5天用药。 在破口前7-10天喷施25%戊唑醇40克或者3%井岗嘧甘素(素青)400克，一个星期后再喷施一次。 将稻瘟康按300倍液稀释，并添加适量渗透剂如有机硅等，进行喷雾，重点喷药的部位是植株的上部，3天用药2次