水稻有机栽培技术严禁使用化学合成杀草剂。目前应用在水稻有机栽培的杂草防除技术有三种。
1.重复整地法：于插秧前12~15天进行次整地，粗耕、细耕及把平同时完成，随即给予深水（5~10公分）灌溉，持续至插秧前三天，再进行第二次整地，即可完全防除杂草。
2.稻壳覆盖淹水法：于插秧前力求整地平整，插秧后秧苗挺直时，每公顷覆盖约4吨稻壳，并进行淹水处理，可防除大部分的杂草，再配合人工除草，即可有效防除杂草。
3.高温防除法：此法是利用未经腐熟的植物性有机质肥料施用到地面，应用土壤中微生物分解有机质，在湛水情况下土壤中残存氧气，使杂草种子无法获得足够能量发芽的原理，以抑制杂草的发生，但是本项防除法，必须配合高温（例如二期作初期）才有防治效果，一期作仅能达到初期抑制，长期则无防治效果。
1、直播稻田杂草防除
直播稻田杂草和水稻同步生长，发生期长，加上水稻播种后干湿交替，十分有利于旱生和湿生等多种杂草的生长，因此，杂草种类多，除草难度大，技术要求高。只有根据直播稻田杂草的发生规律，选用对路药剂，掌握施药技术，才能、有效地防除直播稻田中的杂草。目前，直播稻田化学除草已经形成了“一封、二杀、三补”的技术体系。
“一封”：在水稻播种后出苗前灌一次透水，等水自然落干后进行次化学除草。可以选择42%丁?恶乳油120-150毫升或40%丙?苄80-120克，兑水40-50千克在土壤表层均匀喷雾，能够有效地控制个出草高峰的发生。
“二杀”：由于直播稻田杂草量大，出草期长，通常一次防除不能控制全部杂草。因此要做好中期水稻田杂草的防除工作。应针对杂草的种类，对症下药。防除千金子每亩可使用10%氰氟草酯乳油60-80毫升，兑水50千克进行茎叶喷雾处理；防除稗草、马唐等杂草，可以先排干田间积水，然后每亩用50%二氯喹啉酸可湿性粉剂40-50克，拌毒土15-20千克均匀撒施到田间。
“三补”：在直播水稻生长后期，阔叶杂草和莎草科杂草危害比较严重。可以在水稻拔节前，往田间灌上3-5厘米深的水层，每亩用10%苄嘧磺隆可湿性粉剂30克加20%二甲四氯150毫升，兑水30千克均匀喷雾，施药后保持水层4-5天。
2、育秧移栽水稻田杂草防除
（1）秧田杂草防除
播种后出苗前，每亩用60%丁草胺乳油100毫升，加水50千克在土壤表层均匀喷雾，进行土壤封闭处理。
在秧苗二叶一心期，稗草2-5叶期，每亩秧田用30%二氯喹啉酸可湿性粉剂35克，加水50千克均匀喷雾，进行苗期茎叶处理，施药后注意保持床面湿润。
（2）大田杂草防除
在水稻移栽后4-6天，先向稻田中灌水3-5厘米深，注意不要使水淹没水稻心叶，然后每亩用60%丁草胺乳油100毫升，拌毒土20千克在稻田中均匀撒施，施药后，保持3-5厘米深的水层5天左右，可以有效防除稗草和莎草科杂草。
在水稻拔节期先向稻田灌水3-5厘米深，然后每亩用20%苄?乙可湿性粉剂30克或14%稻草畏可湿性粉剂40-50克拌细潮土20千克在露水干后均匀撒施到水稻田中，并保持水层5天左右。可以兼防稗草、莎草科杂草、阔叶类杂草等多种杂草。