水稻以纯有机栽培，一定会发生病虫害。有效降低病虫害发生，有赖于精湛的栽培管理技术。
水稻常发生的病虫害有稻纵卷叶虫、二化螟虫、稻热病、胡麻叶枯病、白叶枯病、纹枯病等。苏力菌对未进入叶鞘或茎内的二化螟虫和稻纵卷叶虫具有良好的防治效果。但是如果二化螟虫已进入叶鞘或茎内，则无防治效果，所以应在二化螟虫发生时期，进行连续性防治。稻热病是在水稻肥份吸收过量及土壤中硅（SiO2）含量太低的情况下发生，一般土壤中硅含量，应维持在15毫克/每 1000克土以上，因此如果能够控制有机质肥料施用适中及补充土壤中充足的硅含量，可有效预防稻热病。胡麻叶枯病是在稻株缺肥及土壤中硅含量太低的情况下较容易发生，因此在水稻生长过程中，应避免水稻过度缺肥，土壤中亦应适量补充硅，可有效预防胡麻叶枯病。白叶枯病常发生在大风过后，因水稻叶磨擦造成伤口，病原菌感染伤口所致。土壤中有充足的硅含量及避免施用过量的氮素，均可有效降低白叶枯病的发生，当白叶枯病发生时，切记避免在清晨露水未干前进入稻田中，以减少人为传染病菌。纹枯病是在高温多湿的情况下较容易发生，纹枯病发生时应避免田间积水造成纹枯病发生的适宜条件，水稻亦应尽量宽行栽植，加强通风，长期施用有效微生物在土壤中，这样做可以产生拮抗作用，排除土壤中有害菌，亦可有效降低纹枯病的发生。
综上了解利用优良的田间栽培管理技术，可以有效控制病虫害严重发生。
一、水稻稻瘟病综合防治
1、水稻稻瘟病在水稻整个生育期都可以发生，具有为害时间长、侵染部位多和症状多样性等特点。按其为害时期和部位不同可分为苗瘟、叶瘟、节瘟、叶枕瘟、穗颈瘟、粒瘟。以叶瘟和穗颈瘟危害重和常发生。
（1）叶瘟：发生在三叶期前的秧苗或成株叶片上，分蘖期至拔节期为盛发期，叶片上的病斑常因气候和品种抗病力的差异，病斑在形状、大小、色泽上有所不同，可分为慢性型、急性型、白点型、褐点型四种，以慢性型、急性型为害重。
（2）穗颈瘟：出穗10天左右表现症状，水稻抽穗期易感病，发生在穗颈、穗轴及枝梗上，病部成段变褐坏死，穗颈、穗轴易折断成白穗，俗称“掐脖瘟”。
2、稻瘟病的发病条件
（1）气候条件：气温低、雨水多、湿度大、日照少、天气时晴时雨、雾多露大，有利于稻瘟病大发生。气温在27℃-28℃，田间湿度在90%以上时适合病菌孢子萌发，而且扩展极快。气温在20℃以下和32℃以上，病菌孢子基本停止萌发。阴雨连绵、雾大天气病菌孢子繁殖快，病菌孢子产生的高峰一般在适宜范围内遇降雨或持续高湿情况下出现。如果日平均温度为24℃-28℃，且有1昼夜以上的饱和温度，稻瘟病就容易流行。抽穗期遇持续3-5天低温（20℃以下）、多雨易诱发穗颈瘟。
（2）栽培条件：插秧过晚，密度大，田间光照不足，通风不良，有利于病菌孢子扩散和蔓延；施氮肥过多，使田间生长旺盛，贪青晚熟，无效分蘖增多，抽穗不整齐，助长了病害的发展的蔓延；长期深水灌溉或干旱。
（3）品种抗性：水稻品种抗病性的强弱，对发病程度和损失关系很大，不同品种对稻瘟病的抗性有明显差异。同一品种在不同生育时期其抗性不一样，一般在分蘖期和抽穗期易感病。同时，连年大面积种植单一品种也易引起病原菌群体组成的变化，易诱发稻瘟病。
3、防治方法
（1）在稻瘟病各发生时期注意田间观察，我区叶瘟一般在6月下旬至7月上旬开始发生，7月中、下旬为发病盛期，田间发现叶瘟病斑时及时施药控制，避免发生病情蔓延。7月下旬至8月初，重点预防穗颈瘟发生，在水稻始穗期，田间5%左右水稻出穗时施药预防一次，再在出齐穗时即齐穗期再施药预防一次。
（2）防治药剂：40%富士一号、40%稻瘟病、75%三环唑、40%克瘟散等药剂。
二、水稻虫害的防治
1、潜叶蝇：插秧之后水深易发生，防治方法：排水晒田，也可以用乐果乳油喷雾。
2、稻水象甲：插秧之后几乎和潜叶蝇同时发生，早晚观察及时用药，防治药剂；三唑磷、水胺硫磷等药剂。
3、螟虫：二化螟虫6月末7月初发生，必须及时用药，二次用药在7月中旬左右，三化螟虫是第三次用药在7月末，防治药剂：杀虫单可湿性粉剂、杀虫双撒滴剂等药剂。