有机肥料是一种完全肥料，对改良土壤、增肥地力和无公害蔬菜的生产具有独特的作用。
1.有机肥养分齐全，许多养分可以被蔬菜作物直接吸收利用。
2.能改善土壤的结构和理化性能，提高土壤的缓冲能力和保肥供肥能力，可增加土壤的通气性和透水性，从而改善了土壤的水、肥、气、热状况。
3.有机肥在土壤中能形成腐殖质，不仅可以直接给植物提供营养，而且其胶体能和多种金属离子形成水溶性和非水溶性的结合物或螯合物，可增加微生物的种类和活性。
4.超量施用化肥易形成盐类浓度障害，而有机肥的营养是慢慢释放的，长效的，多施不易发生浓度障害。
5.多数保护地是接近封闭的设施，有机肥在分解过程中释放出的大量co2，成为光合作用的重要原料来源，而且多施有机肥可提高冬季温室土壤的温度，这对喜温类蔬菜的温室冬季生产是十分珍贵的。
6.有机肥和化肥在n、p、k含量相同时，有机肥可以大大降低蔬菜产品中硝酸盐的含量。
7.增施有机肥可提高蔬菜产品中vc、还原糖、矿物质等营养物质的含量，改善品质。
8.长期施用有机肥可提高植株的抗逆性、抗病性，并且能保持蔬菜生产的丰产稳产。
有机肥多数是人和动物的排泄物以及动植物残体等，来源复杂，在无公害蔬菜生产中使用时应注意高温消毒、卫生操作。所以一定要注意有机肥的来源，尽可能选择环境质量好的有机肥，逐步按国际有机农业运动联盟的内循环产业要求，进行无公害蔬菜生产。
随着生活水平的提高，人们对无公害蔬菜生产的要求越来越高，而如何正确选择与施用肥料，则是提高无公害蔬菜产量和品质的关键措施之一。
一、肥料的选择
应选择对环境和蔬菜营养、品质等无不良后果的肥料类型和种类。无公害蔬菜生产中能够施用的肥料类型和种类可包括以下几种：
（一）有机肥：包括农家肥和商品有机肥料，农家肥又包括堆肥、饼肥、厩肥、沼气肥、绿肥、作物秸秆等。
（二）微生物肥料：包括腐殖酸类肥料、根瘤菌肥料、钾细菌肥料、磷细菌肥料以及复合型微生物肥料等。
（三）无机矿物质肥料：包括无机氮肥、矿物钾肥、矿物磷肥。
（四）中微量元素肥料：包括钙、镁、铜、铁、硼、锌、钼、锰等中微量元素以单元素为主或几种无素配制的肥料。
二、肥料的合理施用
（一）增施优质有机肥大量施用有机肥是无公害蔬菜生产的基本施肥原则。
（二）平衡施肥无公害蔬菜生产中如果仅施用有机肥，难以满足作物全面、充足的养分需求，难以实现持续优质高产。因此生产中必须推广以控氮为主的平衡施肥技术。
（三）推广生物肥，实行有机、无机、生物肥配合施用。生物肥料具有提高肥料利用率，降低蔬菜作物体内硝酸盐、亚硝酸盐含量，抑制土传病害发生和增强抗病能力的功效。
（四）采取科学的施肥方法有机肥在施用前必须经化处理（如经高温充分腐熟），磷肥可与有机肥混合沤制20天以上再施用。用化肥做基肥时进行全层深施，做追肥时少量多次。氮肥施用上应该遵循“前重后轻”的原则，要注意氮肥合理施用间隔期。钾肥要改一次性施入为基施追施并重，在采摘期注意追施磷钾肥。