在农药使用中，盲目混用农药者大有人在，往往是混用的优点没有得到体现，却适得其反，造成药效降低，甚至失效，还可能对作物产生药害。一般来讲，农药合理混配要遵守以下原则：
1、混配后不影响药剂的生化稳定性进而降低药效或出现药害：有机磷类、氨基甲酸酯类和拟除虫菊酯类杀虫剂等不能和碱性物质混配，有机硫杀菌剂代森类和福美类对酸性物质敏感。
需要注意的是，药剂之间混配后不能降低其生物活性。例如，氟虫腈和阿维菌素不能混配使用，因为氟虫腈的作用靶标位点是害虫的氯离子通道抑制剂，阿维菌素则是氯离子通道激活剂，作用方向相反。
2、混配后不影响药液的物理性状：药滴能否很好的落在靶标上并均匀展开湿润，是能否达到较高防效的关键环节之一。
3、混配后药剂的毒性以及对环境的影响不能增加：两种以上的药剂混配之后，有时候药剂对人畜的毒害作用可能会增加。
比如，异稻瘟净不但可以防治稻瘟病对黑尾叶蝉也有一定抑制作用，异稻瘟净和马拉硫磷混配后可以显著提高防治黑尾叶蝉的效果，但对人畜的毒性也会大大提高。
4、混配后能够增加对靶标的毒力或延缓其抗药性：需要考虑药剂的理化性质及其相互间的作用，靶标生物的生理特点等，同时还要注意药剂间的混配比例，以找到共毒系数（两种或两种以上农药混用后的实际毒性和理论毒性之比，再乘以100即为共毒系数。若共毒系数大大超过100为增效作用；接近100为相加作用；明显低于100，80以下，为拮抗作用。）
综上所述可以看出，农药的混合使用并不是一件简单的事情。国内很多农药生产厂家为了迎合所谓市场需求、追求销售量和利润，往往随意复配药剂，却不注重药剂复配的科学性和合理性，产品上市使用后不但达不到预期的药效进而使自己的品牌信誉也随之受损，同时也往往会因为这种行为助长了农药的滥用，使病虫草的抗药性不断提高、环境不断被破坏。
因此，农药的混用要讲科学，只有合理混用才能达到良好的效果。
（一）同性相配。不同农药的分子结构和化学性质（酸碱性）不同，譬如有机磷类和氨基甲酸类农药对碱性敏感，菊酯类杀虫剂和二硫代氨基酸类杀菌剂在较强碱性条件下会分解失效。因此，农药混配要以不让有效成分发生化学变化为前提，以“同性相配”为原则，即酸性农药与酸性农药相混配，碱性农药与碱性农药相混配，酸碱性相反不能混配。农药混配前，要仔细阅读农药使用说明，了解各种农药的用途（杀虫、杀菌机制等）、酸碱性，看看哪些农药是酸性的，哪些农药是碱性的。如果规定不能与碱性农药混配，那么这种农药只能与酸性农药混配。同理，若规定不能与酸性农药混配，那么这种农药只能与碱性农药混配。此外，化学农药不能与生物农药混配，微生物杀虫剂、微生物杀菌剂不能与化学杀虫剂、杀菌剂混用。如果混用，化学药剂会杀死微生物药剂中的微生物，导致生物药剂丧失药效。
（二）混配两种。混配农药品种，一般以2种为宜。必要时，也可以混配三种，但不宜超过3种，种类过多易产生不良后果。
（三）混配减量。共防类药混配，用量宜酌减。共防目标相同，药力互助，在配制上通常按平分法减量。即二混时，各自保持原用药量的一半；三混时，照此类推。
（四）按顺序加药。混药前，先将各种农药进行二次稀释，再把这些农药混配到一起使用，效果好且，不会出现药害。混药时，将不同剂型农药进行排序，按微肥-可湿性粉剂-胶悬剂-水剂-乳油的顺序依次加入。加药时，边加边搅拌混匀，待药剂充分溶解后再加下一种药剂。两种可湿性粉混合，要先将可湿性粉混合均匀，再加水稀释。混配后，应对药液进行仔细观察是否异常，若无沉淀、变色、强烈刺激气味、大量泡沫等化学反应现象则可使用，如有这些现象中的一种则不能使用、以免产生药害。
（五）单治混配按“各量”。混配农药用于单治（各防各自目标）时按“各量”混配，根据病虫草害同期混生情况，确认兼治目标，合理选用农药混配防治。所谓“各量”，是指按单独使用时的用量进行混配，以确保有效防治各自的目标。
（六）先加水后加药。水用于稀释农药，因此，混配时，应先加水，后加药。加入第1种进行搅拌均匀后，再加第2种。不能将所有混配农药全部一起加入喷雾器内，再兑水稀释，以免降低药效，达不到应有的增效作用。
（七）现配现用。农药混用，要现配现用，尽快用完，不可存放，以免失效。
在农药混用时应尽量避免不良的化学反应，不同的农药有不同的化学性能，因而了解各类农药可能发生的化学变化，对考虑农药的复配混用是很必要的。
有机磷农药大多数具有酸性，在碱性条件下不稳定，容易分解生成无生物活性的物质，失去防治效果。如对硫磷、甲基对硫磷、杀螟松、马拉硫磷、乐果等杀虫剂及稻瘟净、异稻瘟净等杀菌剂，都不能和碱性农药复配混用。与此相反，八甲磷在碱性介质中稳定，在酸性介质中反而容易分解。
氨基甲酸酯类农药和有机磷农药一样，遇碱容易分解失效，不宜和碱性农药复配混用。
在有机硫类杀菌剂中，二硫代氨基甲酸衍生物如代森锌、福美锌、福美双等，虽然有一定的稳定性，但在强碱性条件下亦分解失效，不宜和碱性农药复配混用。含三氯甲硫的杀菌剂克菌丹和丹，虽然强碱性也能使其发生复杂的化学变化，但通常是比较稳定的。因此它们的复配混用范围比较广，尤其含克菌丹的混剂数量较大。内吸性杀菌剂如多菌灵、硫菌灵、三环唑等，都有一定的稳定性，适合与许多保护性杀菌剂混用。
苯氧乙酸类除草剂如2，4-D等化学性质一般比较稳定，与含金属元素的药剂混用能生成盐。但是一般不会使药效显著降低，在除草剂中含有金属元素的药剂很少，因而其复配混用范围也比较广。
植物性农药性质比较复杂，一般与有机合成的药剂复配混用时不起多大的化学作用，对药剂的效果影响不大。
在各类农药复配混用中，容易发生化学反应、降低药效、出现药害的是无机农药。在无机农药中，碱性农药和含金属元素的农药多，它们在复配混用中容易使其它农药分解失效，或产生药害。因而，两种或几种农药是否适于复配混用，必须通过试验加以证实。