在施用有机肥时有很多是需要注意的问题，特别是在给菜田施用有机肥的时候应该解决的主要问题有三个。
一、施用的数量大，养分投入过量，尤其氮、磷投入过量，致使局部地区已出现环境问题。例如，由于粪尿类、食品加工残渣类有机肥都有含盐量较高的特点，所以有机肥过量施用可能会导致土壤盐分累积。已有报道表明，温室大棚生产中，每年至少每公顷施用有机肥75～150吨，相当于向每公顷土壤投入了净盐 510～610公斤，长年不断施用，土壤含盐量就会逐年增加。
二、有机肥种类单一，多为鸡粪猪粪等畜禽粪尿类；以鸡粪为例，含氮磷养分较多，而 C/N比很低，这对土壤结构的调节功能是不足的。
三、施用的性。例如，垃圾类有机肥中常含有重金属及放射性物质等污染物；动物粪尿类有机肥，由于饲料添加剂的残留也会有一定含量的重金属，如锌、铜、砷等；此外，秸秆类有机肥中往往还含某些病原微生物，如有害病菌和虫卵等。从市场调查中还发现，有的商贩为了使有机肥体积膨大，在粪尿肥中加入碱，这些碱性过强的有机肥会影响蔬菜生长等。一旦将这些问题有机肥施用到菜地，可能导致蔬菜产品中有害成分超标，构成对食品及环境的威胁。
以上的三个问题是在给菜田施用有机肥时容易出现的，我们在施用有机肥时一定要注意。
当前有机肥的施用中出现了很多的问题，我们应积极采取防止对策。菜田有机肥合理施用对策其一，蔬菜生产中的施肥策略以有机无机相结合的原则，有机肥的施用量要合理，而不要多多益善。首先掌握所施有机肥的养分含量，充分估算其对作物所供应的氮、磷、钾养分数量，要扣除有机肥所能提供的养分数量后，不足的部分再施用化学肥料补充，但是当前生产实践中，菜农往往不算有机肥养分只算化肥养分，而导致普遍存在着过量施肥的问题。
关于有机无机的适当配比：以满足蔬菜作物周年所需氮素的供应量为例，有的国家提出，来自有机肥中的氮素比例占50%~60%为宜。粮农组织曾推荐，按照有机氮与无机氮之比为1∶（0.4~1），并以此确定有机肥与化肥的施用量。
其二，针对菜地土壤的质量特征选择不同种类有机肥，新菜田应选用化学养分高、的发酵有机肥，如粪尿、绿肥、饼肥；老菜田应选用含秸秆丰富，经过堆沤发酵的缓效有机肥。有些连作障碍严重的老菜田采用秸秆生物反应堆技术效果很好，就是利用秸秆改善土壤物理性状，又补充了充足的碳源。在有机肥种类中，选用堆肥产品包括粪尿秸秆固体垃圾等可提高蔬菜作物抗性和促根效应，改良土壤pH和土壤结构，提高土壤有机质数量，钝化菜田重金属活性，减轻重金属污染风险。
其三，有机肥施用时期，总的原则是针对有机肥具有缓效性的特点，将它作基肥或底肥施用，在播种或栽插前施用。不用它作追肥，要用化肥作追肥。
为此要制定合理的基追肥比例，对于高产果菜类作物，适量减少基肥施用量，增加追肥施用量。，控制肥水投入，以便减少菜地的氮、磷养分的累积、淋洗和径流损失，减轻面源污染。帮助菜农化用好有机肥，以实现蔬菜生产的高产优质和。
其二，针对菜地土壤的质量特征选择不同种类有机肥，新菜田应选用化学养分高、的发酵有机肥，如粪尿、绿肥、饼肥；老菜田应选用含秸秆丰富，经过堆沤发酵的缓效有机肥。有些连作障碍严重的老菜田采用秸秆生物反应堆技术效果很好。在有机肥种类中，选用堆肥产品包括粪尿秸秆固体垃圾等可提高蔬菜作物抗性和促根效应。
其三，有机肥施用时期，总的原则是针对有机肥具有缓效性的特点，将它作基肥或底肥施用，在播种或栽插前施用。不用它作追肥，要用化肥作追肥。为此要制定合理的基追肥比例，对于高产果菜类作物，适量减少基肥施用量，增加追肥施用量。
，控制肥水投入，以便减少菜地的氮、磷养分的累积、淋洗和径流损失，减轻面源污染。帮助菜农化用好有机肥，以实现蔬菜生产的高产优质和。