杂菌是金针菇生产的大敌，如果不及时预防则会造成严重的后果。
预防发生杂菌的措施：培养料中加入石灰，不仅可防止杂菌发生，也可促进菇的发育。石灰以消石灰为好，加入量为培养料量的2%。加入方法，可先和米糠混合，或加至水中后混合。
金针菇细菌性褐斑病的防治
细菌性相斑病，是金针菇的主要病害之一，对生产影响较大。子实体染病后，轻者产生斑点，不宜罐装，重者整丛变黑腐烂，失去食用价值。
防治措施：选用抗病的金针菇品种；合理调控菇房温湿度，出菇期间菇房温度应控制在15℃以下，合理安排栽培季节，南方要使子实体发生期在3月底以前结束，以避开春季高温、高湿的影响；及时防治害虫，特别是刺吸式口器的昆虫；发病初期可用漂白粉或漂粉精兑水喷雾（溶液内含有效氯1%—1.5%）金针菇。关于金针菇杂菌的危害一定要及时防治。
1、菌丝生长阶段易发生的杂菌
①青霉：青霉是易发生的丝状菌。发育适温30℃—35℃，但在20℃左右也长得很好。青霉开始蔓延时和金针菌丝相似，随着逐渐成熟长出青色孢子。
②曲霉：曲霉开始繁殖时是白色菌丝，成熟后着生黄绿色孢子，发育适温是30℃左右。栽培室在堆肥附近，或曾放过菌种，或附近有制曲厂都易生长曲霉。一旦发生曲霉，会使菌种污染而全部覆灭。
③大毛霉：和曲霉相似，繁殖力强。在培养基内部蔓延，生成白色或灰黑色蜘蛛丝样的菌丝，产生黑色孢子，发育适温35℃左右。
④毛霉：和大毛霉一样，繁殖力旺盛。在高温下发育。
2、生长于菇体上的杂菌
①青霉：侵入金针菇的青霉，是搔菌后侵入的。如发生青霉应立即挖出并烧掉。进行室内消毒。消毒液是2%的硫酸铜液，或稀释500倍的升汞液。
②根腐病：温度高时易发生。繁殖之初在培养料表面渗出白色混浊水滴，有时会积满瓶口。主要原因是培养料水分过多。发生根腐病后，应立刻挖出烧掉。手接触根腐病菌时，必须消毒。
③黑斑病：在菇盖上产生黑褐色斑点。多数不影响产量，但因菌盖变黑而使价格下降。用冷水直接喷在菌盖上易生这种病。
3、预防发生杂菌的措施
培养料中加入石灰，不仅可防止杂菌发生，也可促进菇的发育。石灰以消石灰为好，加入量为培养料量的2%。加入方法，可先和米糠混合，或加至水中后混合。
1、选用抗病品种。
2、合理调控菇房（棚）温湿度。
3、及时防治害虫。
4、药剂防治
（1）发病初期，用漂白粉或土霉素兑水喷雾，稀释倍数视产品有效含量而定。一般是使稀释液含有效氯0.03—0.05%。
（2）、用浓度为40—50ppm的链霉素或百消斑溶液喷霉，可抑制病原细菌的扩展。