深冬大棚科学地进行肥料管理。定值时要重施有机肥，起垄栽培，并加盖地膜，以有效地提高地温，促进生长健壮，增加抵御低温的能力。
为了降低湿度，棚内要少浇水，必要时可采用喷灌，多使用叶面肥，追肥宜采用配方肥，根据作物不同生育期的需肥规律合理施肥。
另外，因棚内的二氧化碳浓度不足，故每天日出后一小时，需施二氧化碳气肥，以增加光合产物，还可以叶面喷施糖醋合剂，以有效地增加植株的含糖量，增强植株的抗耐寒能力。这样对于深冬蔬菜的生长都是有一定的帮助的。
大棚种菜原则上采用暗灌方式进行浇灌，以减轻棚内空气湿度。但对于抗病力较强的撒播式蔬菜，如空心菜，也可采用喷灌。所谓暗灌，即在地膜下对蔬菜进行水分补充的一种灌溉方式。暗灌通常有二种方式，即渗灌和滴灌。渗灌是通过地下渗透水管道渗透出而浸润土壤，并向作物供水的灌溉方式，这种方式由于工程量大、投入成本高，目前应用较少。滴灌则是在地膜下、作物根际区设置其上打有若干小孔的管材，通过水压差将水或水肥输入作物根际的灌溉方式，这是一种节水、高效、成本投入适中的浇灌方法，近几年正在大面积推广。另外，农民还自创一种土法暗灌，它通过畦面覆盖的地膜阻止畦内水分向大棚空间蒸发，降低棚内湿度并达到浇灌目的，具体做法是将畦整成“凹”字型，“凹”字沟内插入小竹拱，小竹拱的矢尖高与畦面平，然后在“凹”字畦上覆盖地膜，灌溉时将水或水肥引入膜下小沟，让其自然渗透至作物根际。