番茄病虫害会引起落花落果的发生，当植株发生病虫害时，特别是花期，会使植株生理功能失调而出现落花落果。
预防措施：及时进行病虫害的综合治理。特别要注意尽量避开盛花期喷药，减少使用水剂，多使用烟剂和粉尘剂，以免增加温室内空气相对湿度而加重落花落果。
1、施肥管理：应在施足基肥基础上进行追肥，特别要重视施钾肥，基肥用腐熟农家肥、过磷酸钙等。追肥在坐果前薄施，挂果后重施，分次追肥。当一穗花开花3－4朵时，可用番茄灵等进行保花保果，低温时浓度低些。
2、浇水管理：开花结果期，植株生长需水量较多，要水分均匀供应。缓苗期至穗果坐住，一般不灌水，防止植株徒长造成落花落果；穗果膨大，第二穗果坐住，增加浇水次数，幼果膨大时适时浇水。
3、植株调整：非自封顶类型番茄可采用单秆整枝或双秆整枝。采取单秆整枝，单株留7穗果左右，多余的摘除，适时抹去侧芽和及时疏花疏果，保持果大均匀。一般每穗果先留7－8个，当果实长至直径约2厘米时，再将畸形果、病虫果除去，保留4－5个果实即可。
4、病虫害防治：病害主要有早疫病、叶霉病、灰霉病、溃疡病。发病初期可用波尔多液进行防治，后期可用70％甲基硫菌灵800－1000倍，75％百菌清600倍液喷雾防治。虫害主要有棉铃虫、菜青虫、蚜虫等，用纳农、农硕等药对棉铃虫及菜青虫有很好防治效果，苏得利或虫卵克防治效果也不错。蚜虫可用吡虫啉喷雾防治。
光照调控：夏季温度过高，为保花保果，要降低点花药的浓度，为减少落花落果在结果后喷施菜果壮蒂灵可激活植物生态生长正能量，拓宽植物导管路径，提升植物吸水吸肥力度，提升果实产量和质量，降低落果率，减少裂果、僵果、畸形果发生率。而夏季中午太阳光照强度高，光照过强会造成日灼果，因此使用遮阳网进行遮阳可降低光照强度，利于西红柿保果。
肥水管理：要控制氮肥的用量，番茄开花坐果期要加大钾肥、硼肥的使用量，同时减少甚至不施氮肥，可采取冲施硫酸钾型肥和聚宝硼，或叶面喷施高能硼钾。植株过旺时可叶面喷用一次促花王3号，控制旺长，以提高坐果率。在开花结果期土壤含水量应保持在75%左右，并及时通风排湿，以降低空气湿度，使空气相对湿度保持在60%左右。注意要小水勤浇，不可大水漫灌，以防地温过高井水过凉“炸”了根，可能引起黄叶等生理性病害。