西瓜浸种的目的是促使种皮和胚对水分的吸收，软化种皮，提高种子的呼吸强度，促进养分的分解，加速发芽。
浸种时间要适当，时间过短种子吸水不足，发芽慢，甚至难以萌发；时间过长则导致吸水过多，造成咧嘴，影响种子发芽。冷水浸种时，时间可适当延长，温水或恒温浸种时，时间可适当缩短。利用不同消毒方法浸种时，时间也应有所区别。药剂处理时间较长时，浸种时间也应相应缩短。
浸种前已进行破壳处理的，浸种时间应当缩短。
浸种完毕，将种子在清水中冲洗几遍，并反复揉搓，洗去种子表面的黏液以利种子萌发。
1、浸种时间过短：西瓜种子的种皮是由四层不同的细胞组织构成的，其中外面的两层分别是由比较厚的角质层和木栓层组成的，吸水和透水性较差。如果种子在水里浸泡的时间短，水分便不能渗透到内层去。当外层吸水膨胀后，内层仍未能吸水膨胀，这样外层种皮对内层种皮就会产生一种胀力，所以内层种皮便在这一胀力作用下，被迫从发芽孔的“薄弱环节”处裂开口。
2、催芽时湿度过小：西瓜种子经浸种后，整个种皮都会吸水而膨胀，在进行催芽时，由于温度较高，水分蒸发较快，如果湿度过小，则外层种皮很容易失水而收缩，但因内层种皮仍处于湿润而膨胀的状态。这样，内外层种皮间便产生了胀力差，因内外种皮是紧密的连在一起的。加之内层种皮较薄，所以内层种皮便会在外层种皮收缩力的作用下被迫裂开口。
3、催芽时温度过高：西瓜种子催芽温度应在25-30℃之间。若温度超过40℃的在2小时以上，就易发生种皮开口现象。这是因为高温使外层种皮失水而收缩，从而出现与催芽时湿度过小相同的原因而使种子裂开。
浸种时间要适当，时间过短种子吸水不足，发芽慢，甚至难以萌发；时间过长则导致吸水过多，造成咧嘴，影响种子发芽。冷水浸种时，时间可适当延长，温水或恒温浸种时，时间可适当缩短。利用不同消毒方法浸种时，时间也应有所区别。药剂处理时间较长时，浸种时间也应相应缩短。
浸种前已进行破壳处理的，浸种时间应当缩短。
浸种完毕，将种子在清水中冲洗几遍，并反复揉搓，洗去种子表面的黏液以利种子萌发。