水稻烂秧分为生理性和传染性，生理性的有淤籽播种过深，芽鞘不能伸长而腐烂；露籽种子露于土表，根不能插入土中而萎蔫干枯；跷脚种根不入土而上跷干枯；倒芽只长芽不长根而浮于水面；钓鱼钩根、芽生长不良，黄褐卷曲呈现鱼钩状；黑根根芽受到毒害，呈“鸡爪状”种根和次生根发黑腐烂等现象。
防治水稻生理性烂秧方法：
（1）改进育苗方式。推广免疫育苗，用软盘育苗、旱育苗代替水育苗，尽量选择地势较高而平坦、肥力中等的田块作为育秧田。
（2）提高种子质量和催芽技术。一是把住留种、贮种、晒种、选种关，提高发芽率，促进秧苗健壮生长；二是催好芽，温度要稳定在10摄氏度以上，即不要高温逼芽，也不要低温等芽。
（3）加强秧田管理。特别要注意通风炼苗，做到早炼苗，炼小苗。
症状
由于引起水稻烂秧的病因不同，症状有很大差异。烂种主要指稻谷播种后种胚变黑、发臭，甚至腐烂的现象。烂芽指播种后稻芽未能转青即死亡的现象。烂芽有生理性烂芽，常见的症状有淤籽、露籽、黑根和倒芽等生理性烂秧。侵染性烂秧由绵腐病菌侵染所致幼芽受害部分，初呈乳白色胶状物，后变成放射状白色物，呈黄色绵毛状物，俗称“水杨梅”；立枯病是由镰刀菌侵染后初以根、芽基部为中心长出白色菌丝体，很快变褐导致幼芽和幼根变褐、扭曲、腐烂、又称“芽腐”，后期病基部长出粉红色霉状物。烂种主要是由于种子贮藏时受潮或种子消毒方法不善或催芽时温度和水分控制不当等原因所致。生理性烂秧主要有秧田操作质量差，催芽、播种及水浆管理不当，或不利环境及土壤中未腐熟有机物多而产生的还原性有毒物质所致。
防治
水稻烂秧的防治以农业防治为根本措施。狠抓种子浸种、催芽、播种的质量，同时，还要强调秧田整地质量，有机肥要充分腐熟，科学施肥、用水。侵染性烂秧，应在秧苗一叶一心至三叶期时，出现叶尖无水珠和零星卷叶时应及时喷药。可用50％敌克松可湿性粉剂700倍液或30％立枯净500～1000倍液浇灌，若病情较严重时，药液浓度应适量加大。
1、改进育苗方式。推广免疫育苗，用软盘育苗、旱育苗代替水育苗，尽量选择地势较高而平坦、肥力中等的田块作为育秧田。
2、提高种子质量和催芽技术。一是把住留种、贮种、晒种、选种关，提高发芽率，促进秧苗健壮生长；二是催好芽，温度要稳定在10摄氏度以上，即不要高温逼芽，也不要低温等芽。
3、加强秧田管理。特别要注意通风炼苗，做到早炼苗，炼小苗。