甘薯茎线虫为内寄生，虫态不整齐，传播途径多，存活年限长，因此防治上的环节多，必须环环紧扣，节节把关，连年防治，才能消除。
选用抗病品种 是比较经济有效而又简单可行的方法，目前抗病的品种有高 淀粉品种豫薯13号、豫薯12号等，优质食用品种苏薯8号、郑红11、鲁薯7号等。
培育无病壮苗 在种薯上炕前用52℃~53℃的温水浸种10分钟可杀死种薯表皮下7mm深处的线虫；在苗床期施药两次：次在插栽薯种后，第二次是在拔第二茬薯秧以后， 分别用5%涕灭威颗粒剂或3%呋喃丹微粒剂， 然后盖土。按每平方米40~50g， 用细土混匀后向苗床均匀撒施，施药后再喷水，或用甲基异硫磷泼浇。为防治土壤中越冬的茎线虫侵害无病秧苗，还必须进行大田防治。由于苗基部茎线虫较多，可采用高剪苗，剪苗后用50%甲基异硫磷或辛硫磷150~200倍液浸苗基部30分钟。
轮作倒茬 重病地区应实行轮作，甘薯与小麦、玉米、谷子、棉花、烟草互相轮作，隔3年以上不种甘薯，能基本控制茎线虫的发生危害。
消灭虫源 每年育苗、栽插和收获时，病薯块、病苗和病株残体，集中晒干烧掉或煮熟做饲料。病薯皮、洗薯水、病地土、病苗床土都不要做沤粪材料，做肥料需经50℃以上高温发酵。
加强检疫 实行严格的检疫制度，严禁从病区调运种薯、种苗，防止疫区扩大。
药剂防治 重病区用甲基异硫磷或辛硫磷2000~2500倍液在栽甘薯时每穴浇 0.5kg;或用涕灭威或茎线灵颗粒剂每667m21~1.5kg栽时穴施，施后浇水；在轻病区用甲基异硫磷或辛硫磷150~200倍液在栽前浸苗基部30分钟，防治效果较为理想。在整好的春薯田中起垄，把秧苗插到垄上，向插秧苗的穴中浇水，每667m2用甘薯茎线灵2. 5~3.0kg或5%灭涕威2~3kg，均匀地撒入苗穴内，浇水覆土，可有效地防治甘薯茎线虫病。
甘薯含大量粘蛋白，维生素C也很丰富，维生素A原含量接近于胡萝卜的含量。常吃甘薯能降胆固醇，减少皮下脂肪，补虚乏，力，健脾胃，益肾阳，从而有助于护肤美容。
化学药剂防治上，有三种措施可防治茎线虫病：
一是药液浸苗，用50%的辛硫磷或40%的甲基异柳磷100～150倍液，将剪下待栽的幼苗基部大约10厘米浸入药液15分钟再行栽植。
二是毒土穴施，用5%的茎线灵颗粒剂1～1.5公斤加细土30公斤拌匀制成毒土，栽植时每穴施入约10克，然后再灌水、栽苗、覆土。
三是药液灌穴，用40%的甲基异柳磷0.3～0.5公斤兑水1500公斤，栽植时每穴浇药液0.5公斤后再栽苗、覆土。对于重病区，可以采用药液浸苗、药液灌穴、毒土穴施三管齐下，效果显著。
土壤处理：用无线力量（5%阿维菌素）1000-2000ml在翻地后，土壤表面喷雾，然后旋耕，可有效杀灭土壤中的线虫。
栽插时种苗处理：用线索（20%噻唑膦水乳剂）1000ml，加水20-40公斤，搅拌均匀，制成母液，用蘸薯苗根部5-10cm处，1-3分钟，可封闭薯苗剪切口，并降低薯苗线虫携带率。用无线力量（5%阿维菌素）1000-2000倍液例浇定植水，对苗根部线虫高发区进行杀线虫处理，如做过线虫的土壤全面防治处理也可以省力此步骤。本方法可兼治蛴螬、金针虫等地下害虫。配制线索母液时加入薯清（咪鲜胺锰盐）可同时防治甘薯黑斑病、黑痣病等甘薯病害。
栽插时种苗处理也可根据当地种植习惯用线索（20%噻唑膦水乳剂）1000ml，加水10公斤，加细土40公斤左右，制成药泥，对薯苗根部6-10cm拉泥条处理，再用无线力量1000-1500倍液灌定植穴。
1.加强检疫。不从有茎线虫病的疫区调种、买苗。对调进、调出的种苗严格检疫，防止病害传入无病区。
2.培育无病壮苗。选择3年以上未种甘薯、未晒薯干、未施病肥的地块作为留种田。留种田要施净肥，浇净水。育苗时薯种经水选后，放入51℃-54℃的热水浸种10分钟，可杀死薯块表层的线虫。并做到采一次苗，喷一次浓度0.5%辛硫磷药液。采用高剪苗，将秧苗基部剪去3-5厘米，去掉基部的带病部位，再用150-200倍的50%辛硫磷乳剂药液浸苗（叶片以下）30分钟。
3.随时病株残体。抓住春薯育苗、夏薯移栽等各个环节，随时病株残体，集中深埋或焚烧。
4.实行轮作换茬。将病地改种棉花、高粱、玉米、谷子、芝麻等作物达到3年以上，防病效果很好。笔者在多地调查发现，重病地改棉花、玉米等作物3-5年后，再种甘薯不再发病或发病很轻。但不能改种洋葱、花生、马铃薯等作物。
5.选用抗病品种。采用脱毒种苗的防病效果良好。可选用抗病丰产的济薯18、鲁薯3号、豫薯13号等品种。
6.药剂防治。移栽时每亩用50%辛硫磷乳油0.5-0.6公斤，对水2000倍，每穴浇药液0.5公斤，随即栽苗封穴。