甜椒的病虫害主要有病毒病、炭疽病、青枯病、疫病、枯萎病、螨类、棉铃虫等。防治方法如下：
定植后，每5~7天喷洒1次甲基硫悬灵800倍液和辣椒病克800倍液。也可用移栽灵1200倍液灌根3~4次，防治猝倒病、立枯病、青枯病、疫病、黄萎病。喷洒20%病毒A或1.5%植病灵1000倍液防治病毒病。
同时，注意喷洒40%乐果800~1000倍液与菊酯类农药2000~3000倍液，防治菜青虫、小菜蛾、蚜虫和螨类。 遮阳降温前期光照太强，应注意在大棚上覆盖遮阳网，降低棚内的光照强度。
应用“预防为主、综合防治”的植保方针，定植缓苗后用农用盐酸吗啉双胍（病毒唑）300倍液+58%金雷多米尔（10%瑞毒霉，48%代森锰锌）500倍液+0.1%硫酸锌+0.1%硫酸镁混合液喷施防治病害，提高植株抗性；用1%苦参碱1000倍液或1.8%阿维菌素乳油1000倍液（任选其一）防治虫害，每10～15d（天）防治1次。
物理防治方法：
①应用黄、蓝板配套防虫网进行防虫，每亩应用黄板20张、蓝板10张，交替悬挂，防治白粉虱、斑潜蝇、蓟马等害虫；在放风口及温室门口处设置防虫网，防止外界的害虫进入温室内。
②在温室内放置臭氧发生器，利用产生的臭氧对温室空间进行熏蒸，杀灭病菌，通过生产应用发现，臭氧发生器对甜椒的灰霉病有很好的预防作用。
经多年生产发现，凌源地区甜椒易发生的病虫（螨）害有根腐病、病毒病、灰霉病、白粉病、霜霉病、螨虫等。
根腐病：全生育期有两次易发病时间，次在植株坐椒后、门椒采收前易发生，第二次在冬季低温期过后，植株开始大量开花坐果时。这两个时期预防根腐病效果。根腐病有多种表现症状，但通常病部仅局限于根和茎基部。起初病株白天萎蔫，傍晚至次日清晨尚可恢复，反复多日后植株枯死。全棚用58%金雷多米尔（瑞毒霉10%，代森锰锌48%）+50%多菌灵可湿性粉剂500倍液灌根，每7d（天）灌1次，连灌2～3次。对已发生黑茎的部位，可用58%瑞毒霉锰锌（甲霜灵）可湿性粉剂或70%恶霉灵可湿性粉剂10g+水1kg稀释，涂抹于病部。
疫病：发病初期，每亩用45%百菌清烟雾剂110克～180克熏蒸，7天熏一次，视病情轻重熏3次～4次，或每亩用5%百菌清粉尘1公斤喷粉，7天喷一次，连喷2次～3次，或用64%杀毒矾可湿性粉剂500倍液，或70%乙膦锰锌可湿性粉剂500倍液喷雾。中后期发现中心病株后，用50%甲霜铜可湿性粉剂800倍液或72.2%普立克水剂600倍液～800倍液灌根，每穴100毫升～200毫升。
根腐病：预防措施与疫病相同，已患病可使用适乐时、世高600倍液灌根，每株灌药量100-150ml。
病毒病：预防为主，苗期注意防刺吸式类害虫如白粉虱、蚜虫等，通风口用防虫网封好或定植前用DDV熏棚。已发生病毒病可使用病毒A、植病灵、病毒清、83-增抗剂等缓解病害发展。
灰霉病：使用达科宁600倍液、适乐时1000-1500倍液、阿米西达1500倍液或万霉灵800-1000倍液等交替喷雾，若茎杆发病可用适乐时原液或稀释5倍液涂抹病斑有药到病除之功效。
炭疽病：发病初期用50%混杀硫悬浮剂500倍液，或80%炭疽福美可湿性粉剂600倍液～800倍液，或1:1:200波尔多液，或75%百菌清可湿性粉剂600倍液喷雾，7天～10天喷一次，共喷2次～3次。
疮痂病：发病初期用72%农用链霉素可溶性粉剂4000倍液，或50%琥胶肥酸铜可湿性粉剂500倍液，或14%络氨铜水剂300倍液喷雾，7天～10天喷一次，连喷2次～3次。
蚜虫、白粉虱：使用阿克泰5000-7000倍液加功夫2000倍液、吡虫啉+高效氯氰菊酯喷雾，此法还可兼治蓟马、螨类、潜夜蝇等。