水稻恶苗病又称徒长病，带菌种子和病稻草是水稻恶苗病病发生的初侵染源。浸种时带菌种子上的分生孢子污染无病种子而传染。所以搞好种子消毒很重要。
防治水稻恶苗病的浸种药剂有很多，防效也都比较好，包括：八十五强氯精，二点五或十的适乐时，二十五或四十五的施保克，四十五的代森铵，十的浸种灵等。浸种时应注意水温，一般温度要大于15摄氏度。
病轻的提早抽穗，穗形小而不实。抽穗期谷粒也可受害，严重的变褐，不能结实，颖壳夹缝处生淡红色霉，病轻不表现症状，但内部已有菌丝潜伏。所以大家要做好有效的防治措施。
一是选用对路药种。用咪鲜胺、咪鲜-杀螟丹浸种对感病品种水稻恶苗病大田期防效在0~52.8%，已不能有效控制水稻恶苗病的发生。因此，宜改用对水稻恶苗病防效优良、对稻种性好的咯菌腈类药剂(亮盾)拌种或氰烯菌酯浸种。二是正确开展药剂拌种、浸种。药剂拌种:选用6.25%亮盾(咯菌清+精甲霜灵)悬浮种衣剂10毫升加水150~200毫升(机械包衣仅需加水50~70毫升)，搅拌包衣稻种4~5公斤，但水稻恶苗病重发区域或感病品种亮盾使用剂量要提高到15~20毫升。亮盾对种子处理可采用先包衣后浸种，也可采取先浸种后包衣。药剂浸种:要准确把握浸种药剂浓度和浸种时间，25%氰烯菌酯悬浮剂3克对水6~7.5公斤，可浸稻种5~6公斤，要浸足48小时，浸后不用淘洗，直接播种或催芽播种，确保防治效果。
搞好种子消毒。防治水稻恶苗病的浸种药剂有很多，防效也都比较好，包括:八十五强氯精，二点五或十的适乐时，二十五或四十五的施保克，四十五的代森铵，十的浸种灵等。浸种时应注意水温，一般温度要大于15摄氏度。
近年来，我市和其他地区都出现了水稻恶苗病高发的问题，由于恶苗病以前发生率低，农民对此病了解较少，所以在高发病时误将感染恶苗病而徒长的稻株当成了杂株，认为种子纯度低，是种子质量问题，产生了一些种子质量纠纷。随着恶苗病从次要病害上升为主要病害，人们对恶苗病有了更多的认识，纠纷数量减少，但仍有一些农民对水稻恶苗病没有引起足够的重视，给农业生产带来不必要的损失。如2012年更楼某村数十亩水稻发生恶苗病，2013年大同镇多处农田暴发恶苗病，给农民造成了一定的减产。
恶苗病病菌以分生孢子的形式附着于水稻种子上，从种子产地带到种植区，在种子萌发时，病菌也萌发并侵入幼苗。由于该病菌属赤霉菌，使秧苗激素分泌失调产生徒长，终因营养消耗过剩而无法正常结实甚至死亡。由于恶苗病是系统性病害，目前一旦发病无可以，只能靠种子处理进行防治。
药剂浸种防治水稻恶苗病方法简便，省时省力防效好。较常用的药剂浸种方法有：25%咪鲜胺乳油（使百克）2000—3000倍液浸种2—3天后清水催芽；80%强氯精300—500倍液浸种1—2天后清水催芽。另外，为防止恶苗病对单一药剂产生抗药性，建议用二硫氰基甲烷、三氯异氰尿酸等药剂交替使用。
一些种子生产企业也在销售种子时搭售或赠送防治恶苗病的浸种剂。值得注意的是，赠送的药剂量多为一袋种子的用量，但有些种粮大户用种数量较多，浸种时每公斤种子用水量远远低于单袋种子用水量，如将种子袋内的药剂全部放入浸种水中，药剂浓度则严重超过种子耐受标准，造成浸种后出苗率低、死苗等问题，所以请农户认真按要求的浓度使用药剂浸种。