在世界范围内已经发现木薯有30多种病害和近百种虫害。在我国，木薯的病虫害虽然较少，但有些危害严重的病害如性枯萎病（木薯叶疫病）已有发生。下面介绍一些较为普遍的主要病虫害。
（1）木薯枯萎病
木薯性枯萎病又称流胶病，是木薯严重的世界性病害之一，且化学防治难以奏效。属系统性病害，主要为害叶片、茎部，可造成50%以上的产量损失。
防治方法
1、物理防治 ①在60℃的条件下干热处理14天。②60℃的热水处理种子20分钟。热水处理发芽率可能会降低39%左右。③种茎种植前用饱和石灰水浸泡。
2、化学防治 目前还没有对该病非常有效的农药制剂，农用硫酸链霉素4000倍液、12%绿乳铜乳油600倍液、47%加瑞农可湿性粉剂700倍液、77%氢氧化铜可湿性微粒粉剂600倍液具有一定的控制效果，可酌情使用。
3、农业防治 ①对病田土壤和农具要进行，控制病田流水和土壤传入无病田块。②木薯与甘蔗、树林或其他高大作物间作。③重病田块休闲6个月，或与其他非寄主作物轮作。④建立无病种苗基地，不使用有病种茎。⑤新植木薯前枯枝残叶，挖沟排水降低田间湿度。⑥发芽时，发现病株后连根拔除，带出圃场烧毁，2～3周后再补栽。⑦选种一支香、细叶木薯、桂薯1号等有一定抗性的品种。
（2）角斑病 我国广西和海南已有发生，一般5月开始流行，8-9月较为严重。主要特征是出现水渍状角斑，散生于叶片各部位，可见黄色胶乳状物，开始浸染时叶缘出现黄晕状，然后扩大联合，变成黑褐色，造成叶片变黄而脱落。
防治方法 1、选用抗病健康品种植株作为繁殖材料。2、清理病株残体进行焚烧。
（3）螨虫 多发生在高温干旱时（7～8月），发病时叶背可见小虫，主要危害叶片，对产量有一定影响。
防治方法 可喷施杀螨剂防治。
（4）褐色角斑病 我国普遍发生，发病时叶片两边出现不规则的褐斑，病斑边缘界限明显并呈深绿色，严重时叶片变黄，干枯脱落。一般在高温多雨的季节发生，但对产量无很大影响。
防治方法 1、选用抗病健康品种植株作为繁殖材料。2、清理病株残体进行焚烧。
种植木薯时一定要及时管理查看木薯是否有病虫害，提早防治。避免减产。