玉米种子储藏的关键是提高入库质量，降低种子水分。玉米种子储藏有穗藏法和粒藏法两种，各地可根据气候条件、仓房条件和种子质量选择采用。相对湿度低于80%的地区以穗藏为宜，相对湿度超过80%的地区，则以粒藏为宜。
1、粒藏法：即脱粒玉米入仓储藏。此法仓容利用率高，要求严控种子入库水分，入库后严防种子吸湿回潮，在一般仓库，种子含水量不能超过13%。同时要求低温密闭，即含水量降至标准以内的玉米种子，在冷天或冷天通风降温后入仓，堆面盖席或麻袋，再覆盖干净无虫的大豆秸秆、麦糠、干沙、棉毯等密闭储藏，可使种子长期处于低温状态，减少虫、霉危害。
2、穗藏法：一般相对湿度低于80%的地区以穗藏为宜，新收获的玉米果穗，穗轴内的营养物质可继续运送到籽粒内，使种子达到成熟，且可在穗上继续进行后熟；穗与穗间孔隙度大，便于空气流通，堆内湿气较易散发，高水分玉米来不及干燥的，经冬季自然通气，可将水分降至水分以内，翌年春季即可脱粒，再进行密闭储藏。