稻种的贮藏与温度等密切相关。贮藏温度在20℃，水分10%的稻种保存5年，发芽率仍在90%以上；温度在28℃，水分为15.6%～16.5% 的稻种，贮藏1个月便生霉。因此，
种子水分应根据贮藏温度不同加以控制。在生产上，一般对早稻种子的入库水分应掌握严一些。储藏好水稻种子要“三忌”、 “三要”。
“三忌”记清，科学保管。
一忌烟熏。杂交稻种受到烟熏，会降低种子的活性，削弱发芽率，还会影响下年秧苗的长势。烧煤、柴的地方，不能存放种子，贮藏室也不能靠近厨房。
二忌与不同杂交组合混放。杂交稻组合多，不同组合有不同的生育期。
播种期也有早有迟。若一起混放，容易搞错组合，弄错播种期，不利高产。种子包装袋内外都要贴上标签，标明品种、类型、数量，单独贮藏保管，严防混杂。
三忌种子与农药、化肥混贮。
农药和化肥都有较强的挥发性，若与种子一起混贮，对杂交稻种生命力有很大影响。
“三要”记牢，确保。
一是码稻袋要远离墙。仓库的墙壁一般是冷热传导的介质，冬季墙壁外墙凉，内墙热，冷热交替，使仓库内墙潮湿，甚至内墙表面流水，所以码稻袋垛至少离开墙50厘米开外，以免稻种受潮。