为了确保微生物肥料的使用效果，广大微生物肥料消费者在推广应用时注意以下几个问题： 1. 没有获得国家登记证的微生物肥料不能推广。国家规定微生物肥料必须经农业部指定单位检验和正规田间试验，证明其效益、、无害后由农业部批准登记，而且先发给临时登记证，经3年实际应用检验可靠后再发给正式登记证。正式登记证有效期只有5年。所以没有获得国家登记证的微生物肥料，质量有可能出问题，不要大面积推广使用。
2.有效活菌数达不到标准的微生物肥料不要使用。国家规定微生物肥料菌剂有效活菌数≥2亿/克，大肥有效活菌数≥2000万/克，而且应该有40%的富余。如果达不到这一标准，说明质量达不到要求。
3.存放时间超过有效期的微生物肥料不宜使用。由于技术水平的限制，目前我国绝大多数微生物肥料的有效菌成活时间超过一年的不多，所以必须在有效期内尽快使用，越早越好，过期的微生物肥料效果肯定有影响。
4.存放条件和使用方法须严格按规定办。微生物肥料中很多有效活菌不耐高低温和强光照射，不耐强酸碱，不能与某些化肥和剂混合，所以，推广应用微生物肥料必须按产品说明书进行科学保存和使用。