微生物肥是指一类富含活性微生物的特定制品。这类肥料的施用可以补充、促进有益微生物群体的繁殖，改善土壤微生态环境，抑制或控制土传病虫害的发生。
微生物肥料种类较多，按肥料中微生物的种类可分为：肥、放线菌肥、类肥、复合菌剂肥等。微生物肥料种类不同，其功效也各不相同。
根瘤菌剂是一种常见的微生物肥料，主要用于豆科作物。豆科作物接种根瘤菌后每个生长季节可固氮150-200公斤/公顷，利于提高土壤肥力。生剂一般采取拌种和沾根的施用方法，可以与底肥一起施用，生剂与有机肥混合均匀，沟施或穴施，亩用量1-2公斤左右。