蘑菇褐腐病严重影响其产量，所以选好农药是关键。
症状 染病的蘑菇子实体呈不规则白色棉絮状菌团，无菌盖和菌柄之别，表面被白色絮状菌丝覆盖，并渗出暗褐色液滴，散发腐败臭味；也可致菌柄膨大或菌伞缩小，后溃烂产出褐色液滴状物。
传播途径和发病条件 病菌平时生活在含有机质丰富的土壤中，多由覆土或营养料带菌传入菇房，引起菇床早期发病。也可通过工具和采菇人员传播，扩大为害。尤其是喷水有助于孢子从病菇上散布出来。高温高湿及通风不良，有利于发病。温度高于1℃时，菌丝或子实体染病加重。
防治方法：（1）如菇床上覆土已被疣孢霉污染，可采用巴斯德法，即用1.6%甲醛，或在覆土中喷洒25%多菌灵可湿性粉剂500倍液，或60%防霉宝超微粉600倍液、50%甲基硫菌灵可湿性粉剂500倍液、45%特克多悬浮剂3000倍液。（2）发病初期停止喷水，菇房通风降湿，温度控制在 15℃以下，病区喷1%~2%甲醛溶液或50%多菌灵可湿性粉剂500倍液。（3）发病严重的，须原有带菌的覆土，换用新土覆盖，将病菇深埋或烧毁，所有用具置于1.6%甲醛溶液中。