菌肥现在越来越多的受到农民的喜爱，但是在喜爱的同时，我们不要走以下几大误区：
菌肥用量越多越好，忽视了补充N、P、K。
菌肥能够改良土壤结构，为作物和土壤微生物生长提供良好的营养和环境条件，施入较多的菌肥，虽然不会出现烧根烧苗现象，但并不是越多越好。这是因为N、 P、K才是作物生长所需要的大量元素，而生物菌肥富含生物菌，含有作物所需的这些营养很少，它的作用是解磷解钾，防止死棵。因此当土壤中营养元素缺乏时，即使施用菌肥再多，农作物的产量也不会再增加。另外，当施肥量超过产量施肥量时，作物的产量便随施肥量的增加而减少，生产投入成本增加而收益降低。因此，盲目大量施用生物菌肥达不到增产增收的目的。
菌肥单施，不与
肥料混用。
有些菜农认为，菌肥不能与化学肥料混用，混用后高浓度的化学物质会杀肥中的活性菌，因而菌肥就失去了其意义，其实不对。
菌肥作追肥进行冲施时，因自身营养含量低，若单用则难以满足作物正常生长的养分需求。同时，菌肥除了不宜与碳酸氢铵等化肥混用外，与其它化肥混用还有不少好处。如过磷酸钙施易被土壤固定而失效，与菌肥混合后施用，减少了化肥与土壤的接触面，减少养分的固定，同时化肥也可以被菌肥吸收保蓄，减少养分流失。单独施用较大量化肥或化肥施用不均匀时，容易对作物产生毒副作用，若与菌肥混合后施用，则不会发生此类问题。而且化肥只能为作物提供一种或几种养分，长期施用，作物会产生缺素症。菌肥含有大量的有益微生物，能够改善土壤理化性质和微生物体系，增强土壤中酶的活性，有利于养分转化。
认为菌肥防死棵，忽视了其它防治措施。
死棵是近年来棚室蔬菜为突出的病害。随着菌肥的不断推广应用，很多菜农穴施菌肥有效地控制住了蔬菜死棵的发展，于是生产中不少菜农就将使用菌肥作为抑制蔬菜死棵的措施。菌肥的确可以起到以菌抑菌的防病效果，但是菌肥不是农药，不能达到农药防治病害的效果。一旦发生病害，特别是根茎部病害，还要使用药剂对症用药进行防治，不可过分依赖菌肥的防病功效。