肥料施用在不同的时候，要掌握好的深度，这样在施用后的肥效上就会有好处。
1、种肥 作为种肥一般是预先将所施的化肥埋施在种子下部或侧下部，肥料与种子应保持适当的距离，一般为3－5厘米，以避免种子。所以用作种肥的化肥，施肥深度以5－6厘米为宜。
2、追肥 施追肥时植株根系已初步发育形成，如采用机械追肥，应尽量减少伤根，施肥深度不宜太大，距植株的水平距离(侧距)也应适当。一般情况下，行间追肥，窄行作物如小麦等的追肥深度为6－8厘米为宜，宽行作物如玉米等追肥深度以8－12厘米为宜，侧距以10－15厘米为宜。
3、底肥 底肥的作用期是在作物生长的后期，这时作物的根系已经成熟，植株高大密集，根区追肥较难操作，主要靠播前整地时施入的底肥发挥作用。底肥深施常为15－20 厘米或更深。而犁底施肥是一种简便易行的好办法。主要方法有两种:一种是先将肥料撒于地表再用犁耕翻入土；另一种是犁耕作业的同时将肥料施入犁沟，即犁耕时沟施。