晚稻种子发芽率低的补救措施有下面几点：
1、坚持播前晒种。在浸种前，抓住晴好天气，晒种3～4小时天，可增强种子活力，提高发芽势和发芽率。
2、适当增加用种量。如浸种催芽后发现发芽率偏低的，可根据具体情况适当增加用种量。
3、严把浸种催芽关。在晒好种的基础上，药剂浸种，用15%“稻种清”粉剂浸种，浸足48小时，清水冲洗，沥干，装入萝框或麻袋（麻袋不可捆紧），在室内放平摊薄至10cm左右，上下各铺一条潮湿麻袋，用自然室温催芽48小时。一般24小时后稻谷即可破胸露白，露白前不翻动种子，露白后轻翻种子堆并淋水，防止高温灼芽。用温、水、气调节根、芽长短，催芽至根长一粒谷，芽长半粒谷时，摊种炼芽。抓住晴暖天气午后播种。秀水09稻种由于发芽势弱，种子需浸种72小时（浸种48小时，清水冲洗后再浸种24小时），催芽72小时，以确保其种子发芽势和发芽率。
4、精做秧板，科学播种和管理。秧板畦面要平，高差在3cm以内，畦宽2-3m，畦面软硬要适中。畦面过烂，会引起陷籽，影响种子出苗。要避免秧板现做现播，一般应在翻耕做畦后次日上午播种。播种后至二叶一心，一般保持沟中有水，畦面湿润。若遇连续晴天，畦面出现细裂时，上午灌水上畦，浸透后即排出，避免畦面长期积水。秧苗二叶一心后建立浅水层，干湿交替，以湿为主。