棉苗立枯病在我国各主要棉区都有发生，而且每年均可在田间出现，使穴棉苗的死亡，棉田出现缺苗断垅，是世界性的病害之一。
主要症状是：幼苗出土前造成烂子和烂芽。幼苗出土以后，则在幼茎基部靠近地面处发生褐色凹陷的病斑；继则向四周发展，颜色逐渐变成黑褐色；直到病斑扩大缢缩，切断了水分、养分供应，造成子叶垂萎，终幼苗枯倒。发病棉苗一般在子叶上没有斑点，但有时也会在子叶中部形成不规则的棕色斑点，以后病斑破裂而穿孔。病原菌由菌丝体繁殖，菌丝体在生长初期没有颜色，后期呈黄褐色，多隔膜，这是立枯病菌易识别的特征。发病规律以低温多雨适合发病，立枯病菌侵入棉苗适土温为17～23℃，23℃以上其致病力逐渐下降，至34℃棉苗即不受侵害，湿度越大发病越重。