有机肥的化处理，就是通过一种方法，把有机肥中对农业有害的物质除去。有机肥中通常的有害物质是人、畜粪尿中残留的病菌、寄生虫卵以及秸秆中的病虫害等。对于这些生物污染，一般都采用高温和发酵的方法处理，因为这两种方法，都能做到既，又保持肥效。
一种是高温除害，就是利用高温来堆肥，因为在高温堆肥的过程中，周的温度可达30~40℃，以后继续升温，可高达60℃。这种高温可保持1周。在这1周内，以上所说的那些病虫害，均可以被消灭，使有机肥处理收到化的效果。
另一种是发酵除害。一般采用沼气发酵。因为沼气发酵是在缺氧密封的池中完成的，在发酵过程中，产生一种气体，叫做氨气，这种气体有很强的杀菌作用。发酵后的液体和渣都可以作肥料。