制造过程：
传统的复混肥生产工艺有团粒、料浆两种。掺合法，流体法，熔融法，浓缩液粒化法，挤压法等。水溶肥生产工艺一般有两种方法：物理混合法和化学合成法。
制造原料：
复混肥的原料一般是普通的化工原料，而水溶肥则一般是使用杂质含量低的水溶肥或工业原料。
产品配方：
一般复混肥料配方单一，缺乏针对性，而水溶肥多，针对性强。
营养吸收：
在养分吸收方面，复合肥养分吸收水平普遍偏低，水溶肥有效吸收率在80%-90%之间，肥效较快，用作叶面肥时更为明显。
肥料类型：
复合肥料一般是基肥或追肥，条肥。穴施，撒施等等。但水溶肥一般作为追肥、冲剂、滴灌、喷灌等灌溉施肥用。
施肥作物：
通常以大田作物为主，经济作物为辅。但水溶肥则可在经济作物、大田经济作物和大田作物上施用。
农业服务：
通常情况下，复合肥采用的是传统的销售模式，提供的技术指导较少，复合肥的产品针对性强，需要企业提高技术服务水平。