复合微生物菌肥指含有解磷、解钾、固氮微生物或其他经过鉴定的两种以上互不拮抗微生物，通过其生命活动，能增加作物营养供应量的微生物制品。这种肥料的优点是作用周全，既能改良作物营养，又能促生、抗逆、抗病，还能增强土壤生物活性，做到了各菌种间相互增进，有机、无机与微生物相互增进，因而肥效持久，增产效果好，是今后生物肥料发展的方向。
复合的方式有两种或两种以上微生物的复合，也可以是微生物与有机肥料、大量营养元素或微量元素的复合。复配时要注意复配制剂中的pH、盐浓度、水分或复配物本身都不能影响微生物的存活。复合微生物肥料菌剂的有效活菌数≥10亿个/毫升（液体）、≥2亿个/克（固体）、≥1亿个/克（颗粒），其他指标见微生物肥料农业行业标准（NY227-1994）。农业部肥料登记要求，与其他养分复配的复合微生物肥料指标为：有效活菌数≥0.2亿个/克，杂菌含量≤20.0%，水分含量20%～35%，有效养分（N+P205+K20）≥6.0%。
复合微生物肥料可做基肥或追肥，菌剂施用时将菌液接种到有机肥料中，混匀后再用；也可接种到少量有机肥料中堆制1周左右，再拌入大量有机肥料施用，但拌后应立即施用。与其他无机养分或有机肥料已复配的微生物肥料可根据施用说明进行施用，施后要覆土。
依赖大量的单施化肥能提高作物产量是有限的更不用提有一系列的环境污染等问题。科学家们一直在努力提高利用率的肥料平衡施肥，施肥的方法来克服自己的缺点。复合微生物菌肥问题已经在解决这中发挥的作用。因此，根据作物和土壤条件、微生物菌肥和化肥施用，能保持产量和减少化肥的使用量，降低了成本，同时提高土壤和作物质量和减少污染。