近年来，农业生物科技逐渐发展，微生物菌剂逐渐开始被果农们使用。微生物菌剂的使用范围广、不会造成任何环境污染，并且使用后可以明显改善果园的土壤结构和理化性质，疏松土壤，提高土壤肥力；促进作物的生长发育，改善品质；增强作物抗逆的能力；改善作物根系环境等。
因为微生物菌剂是“活的肥料”，含有大量的有益菌，而有益菌的活性受到地温、湿度、光照等因素的影响，所以在使用方法上有着合理的规范，方法使用对了，效果发挥就好。在实际生产应用中，人们购买了微生物菌剂后，没有掌握微生物菌剂正确的使用方法，施用之后并没有出现显著效果，甚至还会出现各种问题。因此掌握住微生物菌剂正确、科学的施用方法和技巧，才能更好地发挥出功效作用。
1、育苗时开始使用效果佳
提前一天，浸种十五分钟至半个小时，然后阴凉处晾干，提前1~2天，均匀混拌育苗基质，略蘸小水浇洒，让菌剂提前定植繁殖生长，覆盖薄膜，以免杂菌混入。
微生物菌剂越早使用越好，为什么这样说呢？因为微生物菌剂当中含有的有益菌，可以促进土壤当中有益菌的繁殖，抑制杂菌的生长，对土壤的理化性质起到很好的改善作用，能够改善土壤因长期使用化肥而造成的土壤板结、酸化、盐渍化等一系列土壤性问题。微生物菌剂还能提高作物的抗逆能力，提高作物抗病虫害能力。所以在育苗期就开始使用生物菌剂，对作物的病虫害提前预防起到了很好的保护作用，间接地减少了因病虫害而造成的经济损失。
2、定植穴施或沟施
穴施为佳，均匀混拌麦麸、碎磨稻糠、豆粕等有机质，若少量添加玉米粉、黄豆粉尤佳（为避免豆粕等有机质烧苗，尽量使用腐熟过的，并添加晒干的泥土）。施入后及时覆土。
微生物菌剂为什么穴施效果佳呢？作物的生长离不开营养，而作物叶片光合作用供给的营养只占很少一部分，大部分的营养供给都是来自于作物的根系吸收，所以确保根系的生长及根系周围土壤环境健康是十分有必要的。只有确保了根系周围土壤环境营养丰富，有机质充足，就能确保根系很好地生长，为作物提供全生长周期的营养需求。
3、基肥
基肥，可以与农家肥一起施用，效果更好。采用靠近根部埋施的方法进行施用。深根性果树的施用深度应为40-60厘米，而浅根性果树的施用深度应为30-40厘米（根部果树根系长势适量增减深度）。一般一棵果树施用0.5-1kg左右的菌剂（根据果树的大小适量增减用量）将其均匀撒入挖好的坑中；之后覆土掩盖浇透水即可。
4、灌根或滴灌
把菌剂集中使用到农作物根部周边的效果较好，集中使用到作物根部周边的土壤中去，才能让菌剂中的活菌快速繁殖成规模而发挥较佳功效，也能使有益菌在作物根部形成更大的规模优势去减少作物周边的有害菌。
5、冲施
如果想全田补菌，土壤处处都有菌，也可冲施。
施用微生物菌剂注意事项
1.避免高温干旱或雨天施用，会影响菌的活性。
2.严禁与除草剂、杀虫剂以及杀菌剂等农药一起施用，会降低菌的活性甚至直接将有益菌杀死。
3.微生物肥料在果树种植中不仅仅能做基肥，还可以用来做追肥，效果也很棒。