目前菌肥没有被大面积推广施用，根本原因在于普遍农户思维陈旧对菌肥认知度明显不足，再有就是菌肥市场不够规范！对于菌种真假难辨！对菌肥之功效、养分含量、施肥方法的掌握较生疏，就很难达到理想的效果。
1、育苗时开始使用效果佳
提前一天，浸种十五分钟至半个小时，然后阴凉处晾干，提前一二天，均匀混拌育苗基质，略蘸小水浇洒，让菌剂提前定植繁殖生长。覆盖薄膜，以免杂菌混入。育苗用菌建议同时使用芽孢杆菌类的复合菌剂和木霉菌剂：复合菌剂5克+木霉菌2克/穴盘。
2、定植穴施或沟施
穴施为佳，均匀混拌麦麸、碎磨稻糠、豆粕等有机质，若少量添加玉米粉、黄豆粉尤佳（为避免豆粕等有机质烧苗，尽量使用腐熟过的，并添加晒干的泥土）。施入后及时覆土。微生物菌剂：蔬菜亩用量2-3公斤，葡萄每株用量50-100克。
3、混拌底肥、有机质旋耕进土下
若次使用微生物菌肥，建议加倍用量，旋耕下底肥时使用。
4、作物生长期
灌根和喷叶，若作物发生早衰现象，可用菌剂灌根。（不过中后期灌根，浪费多，作用差）
使用常见误区
1、为图方便，习惯与化学农药混用，降低活性
微生物肥料种含有活菌成分，将微生物肥料与杀药剂混合使用且长时间放置，极易影响菌的活性，造成部分菌死亡。
2、贪图省钱，轻视使用量，用量不足，效果打折扣
使用微生物肥料能取得好的效果，前提是要用足量。土壤中的微生物种类繁多，数量，接种的外来有益菌要形株成优势菌群，需要经历来自环境的考验和土壤原有微生物的竞争，为了促进有益菌的繁殖需要人为创造有利于有益菌生长的条件，如改良酸化土壤，调整土壤酸碱度，增施有机肥，提高土壤物理肥力，增加微生物菌的数量等。
3、使用方法和时间掌握不当
微生物肥料使用方式灵活多样，液体菌剂可以用来拌种、浸种、喷施、蘸根、灌根；固体菌剂可以用来拌种、蘸根、混播、混施，不同的使用方式对效果有一定的影响，应避免在土壤表层撒施、高温强光下喷雾，做底肥、沟施、穴施、灌跟使用时采用局部用肥的方法会有利于肥效的发挥，与未腐熟的畜禽粪混合使用时，腐熟过程中的高温对菌剂活性和数量会产生影响，建议将畜禽粪腐熟后再混用。为了更好的发挥微生物肥料的效果，避免单一的方式的使用，建议根据菌种的特性将以上方法组合使用。
产品名称：微生物菌肥-鸿源生物
产品类别：菌肥
产品说明：
微生物菌肥20kg-鸿源生物
有效活菌数≥10亿/g
净含量：20kg
用优质原料 还健康土壤
1、生物刺激作物生长。多孢菌菌肥中的微生物，无论在其发酵过程（可理解为微生物的自身繁殖过程），还是在土壤内的生命活动过程中，均会产生大量的赤霉素和细胞类等物质，这些物质在植物根系接触后，会调节作物的新陈代谢刺激作物的生长，从而使作物产生增产效果。
2、刺激有机质释放营养。丰富的有机质通过微生物活动后，可不断释放出植物生长所需要的营养元素，达到肥效持久的目的。
3、松土保肥、改善环境。丰富的有机质还可以改善土壤物理性状，增加土壤团粒结构，从而使土壤疏松，减少土壤板结，有利于保水、保肥、通气和促进根系发育，为农作物提供适合的微生态生长环境。