我国农业在使用有机肥方面有着悠久的历史，但由于化肥工业的兴起而被冷落了，不少人为此忧虑呼唤。随着近年来无公害农产品、绿色食品、有机食品的发展，有机肥重新得到重视，并逐渐作为产业悄然兴起。但有来自管理部门、科研单位和企业的有关人士认为，有机肥料产业化还处于一个初期的发展阶段，行业发展不平衡，需要进一步引导和支持。
不平衡主要体现在东西部地区有机肥料生产企业发展、生产技术水平、环境保护意识等方面的差异。其中重要的一点是国家对有机肥料行业缺乏引导和支持。笔者认为，国家一方面要引导、规划有机肥料产业化的发展，另一方面应在相关的政策上有所倾斜，使有机肥料生产企业享受优惠政策，包括产品增值税减免、铁路运输优惠以及项目建设和贷款等方面的优惠政策。业内人士呼吁，有机肥料管理缺乏必要的依托，亟须进一步加强行业管理，以使行业有序发展。
在有机肥料发展初期，产品均由企业自行制定标准，造成市场商品有机肥料质量参差不齐，市场监督管理困难。目前，部分不法企业趁机利用行业发展的不完善，制假售假、坑农害农，包括有机肥料中养分含量不足、粒度不强、重金属含量超标等，给有机肥料行业的发展造成了极坏的影响。
行业管理部门要运用法律武器保护合法企业和广大农民的利益，严厉打击假冒伪劣产品，规范有机肥料行业行为。有机肥料生产也缺乏必要的技术支持，必须加强技术突破。专家指出，目前该产业化发展直接的制约因素是有机肥料资源的发酵腐熟技术。这项技术一是缺乏优良的菌种，二是对从国外引进的菌种缺乏规范管理。因此，除了行业管理部门加强对引进菌种的性检测、监督和规范管理外，还应加大科研的力度。