水稻菌核秆腐病包括小球菌核病、小黑菌核病、球状菌核病。我国各稻区均有发生。
⑴小球菌核病和小黑菌核侵害稻株，茎秆腔内充满灰白色菌丝和黑褐色小菌核。侵染穗颈，引起穗枯。小球菌核病和小黑菌核病，侵害稻株下部叶鞘，初在近水面叶鞘上生褐色小斑，后扩展为黑色纵向坏死线及黑色大斑，上生稀薄浅灰色霉层，病鞘内常有菌丝块。小黑菌核病不形成菌丝块，黑线也较浅。病斑继续扩展使茎基成段变黑软腐，病部呈灰白色或红褐色而腐朽。
⑵褐色菌核病危害，茎部受害后变枯，常不倒，后期茎秆腔内形成褐色小菌核。褐色菌核病在叶鞘上形成椭圆形病斑，边缘褐色，中央灰褐，病斑常汇合呈云纹状大斑，浸水病斑呈污绿色。
⑶球状菌核病使叶鞘变黄枯死，不形成明显病斑，后期在叶鞘组织内形成球形黑色小菌核。球状菌核病在孕穗时发病致幼穗不能抽出。
⑷灰色菌核病叶鞘受害形成淡红色小斑，在剑叶鞘上形成长斑，一般不致水稻倒伏，后期在病斑表面和内部形成灰褐色小粒状菌核。
水稻菌核秆病发病特点
水稻菌核秆腐病是由真菌引起的，病原菌为半知菌亚门真菌中的小黑菌核病原菌（Helminthosporiumsigmoideumvar.irregulare）等8种菌核病原菌。病原菌在稻草、根茬、稻种中或散落在田间越冬，成为次年侵染的主要病原。病原菌发育温限11-35°C，适温为25-30°C雨日多、日照少利于菌核病发生。深灌、排水不好的田块发病重，中期烤田过度或后期脱水早或过旱发病重。施氮过多、过迟，水稻贪青发病重。单季晚稻较早稻发病重，高秆较矮秆抗病，抗病性糯稻大于籼稻大于粳稻。抽穗后易发病，虫害重、伤口多发病重。水稻小球菌核病明显症状在抽穗期，在抽穗后15-20天表现植株萎蔫枯死。
水稻菌核秆腐病病害方法
⑴农业防治：种植抗病品种。病稻草要高温沤制，收割时要齐泥割稻。有条件的实行水旱轮作。插秧前打捞菌核。加强水肥管理，浅水勤灌，适时晒田，后期灌跑马水，防止断水过早。多施有机肥，增施磷钾肥，特别是钾肥，忌偏施氮肥。
⑵药剂防治：水稻分蘖至拔节期间，每667平方米用25%多菌灵200克，或40%富士一号125克，加水喷在水稻植株基部；始穗期喷药2次，每隔7天喷1次；孕穗末期喷药3次，每隔6天喷1次。
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