近年来，水稻细菌性基腐病在部分田块发生，目前处于圆秆至孕穗期，病株率一般在10%~26%，高发时达40%。发病后主穗会枯死，如不及时防治，将造成严重减产。
一、水稻细菌性基腐病选用抗病品种
如鄂科1号等。
二、水稻细菌性基腐病培育壮苗
在选种、晒种的基础上选用强氯精浸种，推广工厂化育秧，适当增施磷钾肥确保壮苗，小苗移栽机插。
三、水稻细菌性基腐病提倡水旱轮作
增施有机肥，采用配方施肥技术。
四、水稻细菌性基腐病药剂防治
用50%氯溴异氰尿酸（独定胺），叶枯宁、农用抗菌120、农用链霉素、铜高尚、噻菌铜等药剂进行防治。并撒生石灰综合土壤酸性抑制病菌，减轻危害。在喷施杀菌剂农药的同时，增加磷钾肥施用。
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