细菌生物杀虫剂在应用时需留心的地方：
一、忌用劣质药剂
应从正规的生产厂家和药剂销告点购买，以防假冒伪劣，并要注意药剂的生产日期和使用年限以及药剂的合理保管存放，防止过期失效。另外，一般正常的药剂产品中都有一定的含菌量，开盖时应没有臭味，时而还会有香昧(培养料发出的)，而过期或假的产品则常产生异味或没有气味。
二、忌低温下使用
细菌生物杀虫剂的活性成分是蛋白质晶体和有生命的芽饱。在低温条件下，芽抱在害虫体内繁殖速度慢，蛋白质晶体也不易发生作用。环境温度一般在10～35℃都适宜，若过低会影响昆虫食量，防治效果差些。
三、忌大雨淋洗
喷施细菌生物杀虫剂后不久，如遇中到大雨，会将喷洒在作物茎叶上的菌液淋冲掉而降低药效。但如果在施药5小时后下小雨，则不但不会降低防效，反而有增效作用。
四、忌与杀菌剂混合使用
施用细菌生物杀虫剂时切勿与杀菌剂（如多菌灵、托布津等)混用，否则容易导致药剂中细菌数量的严重减少，从而影响杀虫效果。因此，即便是喷过杀菌剂的喷雾器也要冲洗干净后才能装配细菌生物杀虫药剂。
五、忌干燥环境
细菌生物杀虫剂中细菌的芽抱喜潮湿环境，因此使用时田间湿度越大药效越高，尤其是喷施粉状生物制剂农药更应注意田间湿度。一般在清晨和傍晚有露水时喷施菌粉剂。
六、忌光照强烈
阳光中的紫外线对芽抱有杀伤作用，若光照强烈紫外线会把细菌杀死。所以，喷施细菌生物杀虫剂应在阴天或弱光照地内进行。一般在晴天上午10时前或傍晚进行施药。