棉花枯萎病是危害茎杆造成全株发病的病害。发病时棉株茎杆内部变色，剖视茎杆可见茎内有褐色条纹，破坏输送水分的维管束组织，使根部吸收的水分不能向上输送，造成叶片萎焉或黄化直至全株枯死。该病一般在梅雨过后开始发病，秋季多雨时再次发病。根据我场几年的实践，采取以下方法防治，效果较好。
1.农业防治 实行水旱轮作或与禾本科作物轮作，减少土中病菌积累，从而减轻枯萎病的发生；对零星病区田块，发现病株，立即拨除烧毁；选用抗病品种，可选用泗棉3号及国抗棉1号等抗性品种；选用无病土育苗，育苗移栽时，淘汰病苗（壮苗抗病），减少病源的侵染。
2.化学防治 发病前，可用绿风95或绿亨1号喷施，对防病壮苗有一定效果，还可用克枯黄200～400倍液喷施，发病高峰期，相隔5～7天再喷1次，它不仅可防治枯萎病，还对棉苗有促长、促壮、促根的多种功能，提高棉株的免疫功能和抗逆性能。